Skip to content

[Bioc-devel] Build problem with malbec2

6 messages · Obenchain, Valerie, Janssen-10, R.R.E., Hervé Pagès

Original
Janssen-10, R.R.E.
# 
Dear Bioconductorians,

Is there something wrong with malbec2, or is there something broken in our package?

See the build report:
http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/MutationalPatterns/malbec2-buildsrc.html

Kind regards,
Roel Janssen

------------------------------------------------------------------------------

De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.

Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.

------------------------------------------------------------------------------

This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
Obenchain, Valerie
# 
Hi Roel,

Looks like the problem is in rtracklayer (also red on the release build
report). I think Michael is aware of this and a fix will be coming soon.

Valerie
On 05/10/2017 02:23 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
Janssen-10, R.R.E.
# 
Dear Valerie,

Ok.  And thanks Michael, for working on a fix.

Kind regards,
Roel Janssen


From: Obenchain, Valerie [Valerie.Obenchain at RoswellPark.org]
------------------------------------------------------------------------------

De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.

Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.

------------------------------------------------------------------------------

This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
4 days later
Janssen-10, R.R.E.
# 
Dear Michael,

Do you have any indication on when we can expect the fix?
This is currently keeping Linux users from getting our latest bugfixed version.

Kind regards,
Roel Janssen
4 days later
Janssen-10, R.R.E.
# 
Dear Valerie,

Could we maybe do a manual build for the package, so that the bugfixed version can be propagated to users?


Kind regards,
Roel Janssen
Hervé Pagès
# 
Hi Roel,

It looks like Michael fixed rtracklayer yesterday and that
MutationalPatterns 1.2.1 could finally propagate:

 
http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/MutationalPatterns/malbec2-buildsrc.html

The landing page should get updated soon:

   http://bioconductor.org/packages/MutationalPatterns

Cheers,
H.
On 05/19/2017 06:34 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote: