Buenos dÃas/tardes/noches.
Estoy analizando datos de conteos de especies por muestra (paleontologÃa,
pero es similar a un estudio de comunidades actules). Mi matriz consiste en
112 muestras y 113 especies. Probé diferentes estrategias para armar
clusters con significado (paleo) biológico. Las dos opciones que me quedé
son la distancia Chord y Bray-Curtis (sobre el log x+1 de las
proporciones), en los dos casos con UPGMA. Bien, me encontré con un
problema al querer evaluar la relevancia (significación) de los clusters
con el paquete pvclust(), que hace un remuestreo con diferentes tamaños
muestrales y calcula una especie de probabilidad de significación de cada
cluster (nodo). Bien, pude hacerlo, siguiendo instrucciones de Borcard et
al (2018) para el caso de Chord pero no Bray-Curtis. No me doy cuenta de
cómo especificar el método de cálculo de la matriz de distancia
(disimilitud)....En pvclust() se debe especificar el método de cálculo de
las distancias (dist.method) pero entre las opciones no encuentro cómo
calcular la distancia de Bray-Curtis. DÃganme qué otra info puedo darles
para ampliar. Y muchas gracias!
http://127.0.0.1:30722/library/pvclust/html/pvclust.html
Borcard, D., Gillet, F., & Legendre, P. (2018). Numerical Ecology with R.
https://doi.org/10.1007/978-3-319-71404-2
Saludos,
Fernando.
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*Dr. Fernando M. Archuby*
CONICET-UNLP
Teléfono Personal: +54-221-15-6129667.
farchuby en gmail.com
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