[R-es] Pedigreemm
Estimado Felipe Si pero no, yo en una oportunidad pase por eso, los resultados son nada que ver por una cuestion de escalas, técnicamente hay diferencias al ser muy pocos datos (aunque es muy buen libro). Entiendo que al aumentar los números el algoritmo funciona mejor (o como los ejemplos del libro). Pero si para copiar o crear un pedigree como los de ese libro, no se preocupe por los números, van a dar cualqier cosa, si lo desea puede utilizar algo como: fenotipo <- c(10,20,30,20,10,23 ..) efecto <-c(3,4,5,4,3 ....) individuo <- c(1,2,3,4..) El pedigree y, primero correr lme4 por las dudas si hay problemas de convergencia, luego pedigreem y cuándo mira los resultados con ranef()busca si aparecen los individuos que están en el pedigree pero que no tienen mediciones de fenotipo, sin embargo su valor es estimado. Es solo para probar que no hay problemas de software o algo que se paso por alto. Javier
On lun, 2013-03-11 at 22:31 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
Claro estimado Javier, no hay problema. Me basaré en un ejemplo del
libro de Mrode y enviaré un detalle del mismo. Saludos
Felipe
El 11 de marzo de 2013 22:15, Marcuzzi, Javier Ruben
<javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
Estimado Felipe
Si me lo permite puede realizar una prueba, invente un
pedigree con
cuantro o cinco individuos, algunos datos para el modelo, y
corra
pedigreemm, el resultado no tiene valor alguno como para
prestarle
atención, pero al ser muy pocos puede visualizar si aparecen
los
resultados en las pruebas, es algo que yo realizaba para
aprender.
En este momento busque mis pruebas de pedigreemm, pero las
tengo en otro
sistema y tendrÃa que acomodarlas como para enviarlas.
Javier
On lun, 2013-03-11 at 22:06 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
> Me parece que esta bien el label, de todos modos lo
volveré a
> revisar. Gracias igual por tu aporte y comentarios Javier.
>
> He intentado comunicarme con la autora, pero no he tenido
suerte
> aún. Saludos
>
> Felipe
>
> El 11 de marzo de 2013 17:40, Marcuzzi, Javier Ruben
> <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:
> Estimado Felipe
>
> En:
> (1|TREE_ID)+(1|FAMILIA), data=datos,
> pedigree=list(TREE_ID=PED2)
>
> Revisa si en PED2 tienes correctamente con TREE_ID,
porque al
> ver:
> str(PED2)
> Formal class 'pedigree' [package "pedigreemm"] with
3 slots
> ..@ sire : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA ...
> ..@ dam : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA ...
> ..@ label: chr [1:3954] "C07" "C13" "C16"
"C20" ...
>
>
> Tengo dudas respecto a la correcta ejectución entre
TREE_ID y
> label.
>
> Aunque lo que usted menciona parece correcto.
>
> Tenemos una ventaja, la autora habla español, ella
podrÃa
> ayudarlo mucho
> más que yo.
>
> Javier Marcuzzi
>
> On lun, 2013-03-11 at 15:53 -0300, Felipe Vargas
Reeve wrote:
> > tonces sólo obtengo los valores genéticos de los
TREE_ID de
> la
> > progenie y no vienen las predicciones de los
parentales, los
> 3725, son
> > los individuos sin repeticiones en mi data
primaria de 3882
> TREE_I
>
>
>