[R-es] Problemas al intentar cargar datos
Dolors, ¿por qué no actualizas tu versión de R? Algún problema podrÃa venir de ahÃ. Te lo recomiendo... Un saludo. Isidro
El 10/10/2014, a las 16:12, dolors giralt casellas escribió: Muchas gracias! Lo intentaré, a ver si con esto lo soluciono. Dolors 2014-10-10 16:11 GMT+02:00 daniel :
Dolors, A los dicho por Victor agregarÃa que te fijes si tienes instalado
el
paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux
tienes la
librerÃa libcurl. Daniel Merino El 10 de octubre de 2014, 10:53, VÃctor Granda GarcÃa < victorgrandagarcia en gmail.com> escribió: Hola Dolors,
el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra
en
Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN). En la página del paquete (
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html)
tienes la orden para instalarlo:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GEOquery")
Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y
no en
CRAN: Biobase:
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html
limma:
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html
En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que
GEOquery pero
cambiando el nombre al paquete correspondiente). Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un
tema de
compatibilidades, pero si no es asÃ, te recomendarÃa que
actualizaras la
versión de R, ya que van por la 3.1.1 y asà te aseguras una
plena
compatibilidad con nuevos paquetes. Espero que te sirva, Un saludo VÃctor Granda GarcÃa Ph.D. Student Dpto. BOS, Universidad de Oviedo El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas < dolors1985 en gmail.com> escribió:
Hola, buenas tardes, Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del
ncbi con
versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp. he utilizado el siguiente codigo: library(Biobase) library(GEOquery) library(limma) gset >> > Al hacerlo me da este error: "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't
connect to
host"
Como no podÃa cargar los datos directamente, me descargué el
archivo y
al
intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error: Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb utilizando la siguiente sintaxis: u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz") Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3
paquetes que
necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando
install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada
uno de
los
paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version
2.15.3)"
Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu
(64
bits).
Alguien me podrÃa ayudar en alguno de estos problemas? Muchas gracias Dolors [[alternative HTML version deleted]]
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-- Daniel
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