Date: Mon, 20 Oct 2014 00:55:51 -0300
Subject: Re: [R-es] Warnings en GLMM (lme4)
From: freddy.vate01 en gmail.com
To: jbuenoenciso en hotmail.com
CC: r-help-es en r-project.org
Hola Javier. Talvez peque de obvio, pero tu problema no es exactamente
del software sino del modelo. El mensaje es claro: casi no es
identificable. Puedes aumentar el número de iteraciones para ver si
este modelo especÃfico converge felizmente (no sé si tenga esta opción
la función).
Lo que yo, externamente, sospecho, es que el modelo tiene muchos
efectos aleatorios (año, nido, hembra, macho) y posiblemente una gran
cantidad de interacciones. Considera correr un modelo con un
intercepto aleatorio primero y observa si obtienes warnings por
convergencia. Eso te dará ideas del problema.
¡Salud!
On 10/19/14, javier bueno enciso <jbuenoenciso en hotmail.com> wrote:
Hola,
Soy nuevo manejando R y no tengo mucha experiencia. Estoy intentando modelar
una función que me relacione el nº de cebas (nº de presas que los padres
traen a los pollos) con el tamaño de parche de un bosque (factor categórico;
2 niveles= grande y pequeño). Al ser un conteo (nº de cebas) he pensado
utilizar familia= poisson con link= logarÃtmico. He construido un GLMM con:
Nº de cebas (variable respuesta), Duración del video (esfuerzo de muestreo:
60, 50 y 45 minutos) como una offset en el modelo (transformándola
previamente por el logaritmo). Tamaño de parche, factor explicativo, Nº de
pollos y fecha de puesta covariables. Además he incluido como random el año
de estudio (3 años), el ID del nido anidado dentro del ID de cada parche
(tengo varios parches, grandes y pequeños) y la identidad del padre y de la
madre también como rándom, puesto que se pueden repetir entre años. La
estructura de mi modelo es la siguiente:
#paquete(lme4), mi versión de R es la 3.1.1.
m1<- glmer(ncebas~offset(LogDur_video)+ TamañoParche*Ldate*Csize+(1|YEAR) +
(1|Bosque/nideo)+ (1|Hembra) + (1|Macho), data=Cebas,
family=poisson(link=log)) #con todas las variables e interacciones posibles
para que sirva como referencia a la hora de la selección del modelo final.
El modelo me funciona, sin embargo me aparecen unos warnings que no sé a que
se deben ni la importancia real en el cáculo de mi modelo. Mi pregunta es si
alguien en el foro sabe porqué aparecen y como solucionarlos. Los warnings
son:
Warning messages:
1: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, :
Model failed to converge with max|grad| = 0.00431561 (tol = 0.001,
component 7)
2: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, :
Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue
- Rescale variables?;Model is nearly unidentifiable: large eigenvalue
ratio
- Rescale variables?
Muchas gracias, atentamente,
Javier
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«No soy aquellas sombras tutelares
que honré con versos que no olvida el tiempo.»
JL Borges