[R-es] Problemas al intentar cargar datos
Hola Dolors, el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN). En la página del paquete ( http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html) tienes la orden para instalarlo: source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GEOquery")
Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no en CRAN: Biobase: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html limma: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero cambiando el nombre al paquete correspondiente). Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de compatibilidades, pero si no es asÃ, te recomendarÃa que actualizaras la versión de R, ya que van por la 3.1.1 y asà te aseguras una plena compatibilidad con nuevos paquetes. Espero que te sirva, Un saludo VÃctor Granda GarcÃa Ph.D. Student Dpto. BOS, Universidad de Oviedo El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas < dolors1985 en gmail.com> escribió:
Hola, buenas tardes,
Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con
versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp.
he utilizado el siguiente codigo:
library(Biobase)
library(GEOquery)
library(limma)
gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE)
Al hacerlo me da este error:
"Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect to host"
Como no podÃa cargar los datos directamente, me descargué el archivo y al
intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error:
Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb
utilizando la siguiente sintaxis:
u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz")
Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que
necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando
install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno de los
paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)"
Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64 bits).
Alguien me podrÃa ayudar en alguno de estos problemas?
Muchas gracias
Dolors
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