Hola Joan:
Te vale simplemente con los indices de lsas filas y columnas de la matrix (cambiandolos al orden que desees). Seria hacerlo a mano como dice Javier. Ahora bien, si hay un motivo por el cual eliges un cierto orden, que lo habra, tienes opciones mas sencillas. sobre todo si tienes muchas especies. Pongo el ejemplo en el que reordenaas basandote en un vector de nombres (que puede estar originado en algun tipo de anlisis previo), y otro utilizando un atributo ( pongo el ejemplo de ordenarlas de mayor a menor peso medio)
Data <- matrix(c(NA, '3(1-4)', '8(6-9)', '5(2-6)', NA, '5(4-6)',         '2(1-3)', '10(5-15)', NA), nrow = 3, byrow = TRUE)colnames(Data) <- paste('specie', c(1,2,3))rownames(Data) <- paste('specie', c(1,2,3))Data
     specie 1 specie 2  specie 3> specie 1 NA    "3(1-4)"  "8(6-9)"> specie 2 "5(2-6)" NA     "5(4-6)"> specie 3 "2(1-3)" "10(5-15)" NA Â
## aqui va a mano
NData <- Data[c(2,3,1),c(2,3,1)]NData
     specie 2  specie 3 specie 1> specie 2 NA     "5(4-6)" "5(2-6)"> specie 3 "10(5-15)" NA    "2(1-3)"> specie 1 "3(1-4)"  "8(6-9)" NA  Â
     specie 2  specie 3 specie 1> specie 2 NA     "5(4-6)" "5(2-6)"> specie 3 "10(5-15)" NA    "2(1-3)"> specie 1 "3(1-4)"  "8(6-9)" NA  Â
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