[R-es] R pred

Wed, May 24, 2023 7:53 AM

Estimado JosÃ©

Hay que leer mucho esa librerÃa, funciona distinto a la regla general, por ejemplo, reciÃ©n realizo un modelo lineal con solo diez nÃºmeros, del uno al cinco y semejantes con decimales, una tonterÃa, pero su utilizo la funciÃ³n summary()  hay parÃ¡metros, a los cuÃ¡les puedo acceder utilizando el sÃmbolo $, sin embargo esto no se da resultado en EpiModel, posiblemente por esa razÃ³n no anda la predicciÃ³n. 

Seguramente en la documentaciÃ³n hay algÃºn ejemplo, o el autor explica la fÃ³rmula o algoritmo utilizado en el cÃ¡lculo, lo que harÃa posible calcular segÃºn sus requerimientos.

Mire este ejemplo, por la cuÃ¡l la regla general de R no funciona, pero alguna forma muy especÃfica debe haber, lo cuÃ¡l yo desconozco.

Call:
lm(formula = datos)

Residuals:
        1         2         3         4         5 
 0.007605  0.095057 -0.121673 -0.338403  0.357414 

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)   
(Intercept)  -2.9620     0.5846  -5.067  0.01484 * 
x             3.0418     0.2904  10.474  0.00186 **
---
Signif. codes:  0 ?***? 0.001 ?**? 0.01 ?*? 0.05 ?.? 0.1 ? ? 1

Residual standard error: 0.2979 on 3 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.9734,	Adjusted R-squared:  0.9645 
F-statistic: 109.7 on 1 and 3 DF,  p-value: 0.001858

Error in summary.dcm(mod2) : Specify at between 1 and 10

Javier RubÃ©n Marcuzzi

El 24 may. 2023, a las 10:02, Jose Betancourt Bethencourt <betanster en gmail.com> escribiÃ³:

Otro ejemplo
Se estÃ¡ realizando vigilancia epidemiolÃ³gica y al dÃ©cimo dÃa se
observa esta situaciÃ³n. Se necesita hacer un pronÃ³stico de este brote
durante 10 dÃas mÃ¡s


library(EpiModel)
param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 5,
                  rec.rate = 1/5, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100,
                  di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100)
init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 10)
mod2 <- dcm(param, init, control)
mod2
plot(mod2)


El 24/5/23, Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribiÃ³:

JosÃ©

EnviÃ© antes el correo

El cÃ³digo anda, yo tendrÃa que estudiarlo, pero, posiblemente no funcione
predict porque no estÃ¡ pensado para eso, pero podrÃa calcularlo, sin saber
como, posiblemente desde tiempo, su grÃ¡fica da 500 en tiempo. Pero no
trabajo sobre esa librerÃa, opinar de mi parte serÃa absurdo.

Javier Marcuzzi

El 24 may. 2023, a las 08:39, Jose Betancourt Bethencourt
<betanster en gmail.com> escribiÃ³:

QuisiÃ©ramos agregar predicciÃ³n para siete dÃas a este modelo :
library(EpiModel)

param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 5,
rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100,
di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100)
init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 500)
mod2 <- dcm(param, init, control)
mod2
plot(mod2)

El 24/5/23, Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribiÃ³:

Estimado JosÃ© Betancourt

CorrÃ si cÃ³digo en Mac, el mensaje que me da a mÃ es el siguiente:

Error in UseMethod("predict") :
no applicable method for 'predict' applied to an object of class "icm"

No sabrÃa mÃ¡s que decir.

Javier RubÃ©n Marcuzzi

El 24 may. 2023, a las 08:23, Jose Betancourt Bethencourt
<betanster en gmail.com> escribiÃ³:

library(EpiModel)

# Definir los parÃ¡metros iniciales
param <- param.icm(inf.prob = 0.2, act.rate = 0.25, rec.rate = 1/50)

# Definir las condiciones iniciales
init <- init.icm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)

# Definir las opciones de control
control <- control.icm(type = "SIR", nsteps = 500, nsims = 10)

# Crear el modelo original
mod1 <- icm(param, init, control)

# Ajustar los parÃ¡metros para reflejar la situaciÃ³n actual
param2 <- param.icm(inf.prob = 0.3, act.rate = 0.3, rec.rate = 1/40)

# Crear un nuevo modelo conlos nuevos parÃ¡metros
mod2 <- icm(param2, init, control)

# Generar predicciones para los prÃ³ximos 7 dÃas
pred <- predict(mod2, times = 501:508, nsims = 100)

# Graficar las predicciones
plot(pred)


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Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt
Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay


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Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt
Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay

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