Hola compañeros de la lista, qué tal.
Los molesto con la siguiente duda: Tengo un experimento con dos
factores A y B, cada uno de los cuales tiene los siguientes niveles
(que son concentraciones de dos hormonas vegetales aplicadas a plantas):
niveles del factor A: 0, 0.2, 0.5, 1
niveles del factor B: 0, 0.1, 0.2, 0.5, 1
y mi variable de respuesta es continua, todo dentro del set de datos
llamado "datos".
Mi asesor de tesis me recomienda que en vez de aplicar una anova
de dos factores, que mejor aproveche que los factores A y B son
continuos en vez de categóricos, y que mejor aplique un contraste
polinomial para analizar los datos. Como se habrán dado cuenta, los
niveles de los factores no son equidistantes, condición que según
entiendo es necesaria para poder codificar los mismos con la función
"contr.poly".
Investigando por la red encontré que existe una forma de codificar
usando unas fórmulas que se pueden aplicar cuando los niveles no son
equidistantes, y revisando la ayuda de la función "contr.poly"
encontré el argumento "scores", que en la ayuda dice:
"scores: the set of values over which orthogonal polynomials are to be
computed"
Viendo esto estoy usando la función de la siguiente forma:
contrasts(datos$A) <- contr.poly(4, scores = c(0, 0.2, 0.5, 1))
contrasts(datos$B) <- contr.poly(5, scores = c(0, 0.1, 0.2, 0.5, 1))
con lo que obtengo valores diferentes a cuando uso la función sólo
como "contrasts(datos$A) <- contr.poly(4)" y "contrasts(datos$A) <-
contr.poly(5)". Después aplico la siguiente orden:
anova.dos.vias.contraste.polinomial = aov(respuesta ~ A * B, data =
datos)
summary(anova.dos.vias.contraste.polinomial, split = list(A =
list(AL=1,AQ=2,AC=3), B = list(BL=1,BQ=2,BC=3,BT=4)))
Mi duda es si es correcto usar la función "contr.poly" de esta
forma y, sobre todo, si puede ser correcto realizar los contrastes
polinomiales de esta forma cuando los niveles de los factores no son
equidistantes.
De antemano muchas gracias por la ayuda.
Saludos.
--
Argel.