Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por comunidades autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la tasa diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R. *fecha* *comunidad* *poblacion* *casos_totales* 04/03/2020 AndalucÃa 8414240 13 05/03/2020 AndalucÃa 8414240 12 06/03/2020 AndalucÃa 8414240 21 04/03/2020 Aragón 1319291 0 05/03/2020 Aragón 1319291 1 06/03/2020 Aragón 1319291 6 04/03/2020 Asturias 1022800 2 05/03/2020 Asturias 1022800 5 06/03/2020 Asturias 1022800 5 Gracias
[R-es] Tasa variación diaria COVID-19
12 messages · palazon, eric, Carlos Ortega +5 more
Hola: Usa la función diff diff( seq( 0, 100, by = 10 ) ) [1] 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 Quizá te pueda interesar este enlace: https://github.com/datadista/datasets/tree/master/COVID%2019 Incluye los script para manejar la información. Seguimos El 21/3/20 a las 18:42, Javier Gómez Gonzalez escribió:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por comunidades autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la tasa diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R. *fecha* *comunidad* *poblacion* *casos_totales* 04/03/2020 AndalucÃa 8414240 13 05/03/2020 AndalucÃa 8414240 12 06/03/2020 AndalucÃa 8414240 21 04/03/2020 Aragón 1319291 0 05/03/2020 Aragón 1319291 1 06/03/2020 Aragón 1319291 6 04/03/2020 Asturias 1022800 2 05/03/2020 Asturias 1022800 5 06/03/2020 Asturias 1022800 5 Gracias [[alternative HTML version deleted]]
_______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
____________________________________________________________ José Antonio Palazón Ferrando Profesor Titular. Departamento de EcologÃa e HidrologÃa. Facultad de BiologÃa. Universidad de Murcia. Campus Universitario de Espinardo 30100 MURCIA-SPAIN Telf: +34 868 88 49 80 Fax : +34 868 88 39 63 Email: palazon en um.es [[alternative HTML version deleted]]
Estimado Javier Gómez Gonzalez Lo deseas realizar como ejercicio personal o lo necesitas para un trabajo de salud pública, periodismo, información que necesitan rápido. Si hay urgencia, desde este lado del océano mañana puedo dedicarles algo de tiempo con sus datos, aquà la situación es tranquila, hasta donde se en mi ciudad no hay casos, en la región hay dos confirmados, sospechas, pero ya estamos todos en cuarentena en nuestras casas, y hoy nos asombrábamos junto con los periodistas de la televisión cuándo mostraban de Francia, las medidas del gobierno para permitir a sus ciudadanos son más leves en aquel paÃs que en Argentina. Lógicamente si es salud pública le dono mi tiempo y pocos conocimientos. Javier Rubén Marcuzzi El sáb., 21 mar. 2020 a las 14:42, Javier Gómez Gonzalez (< zaragatan en gmail.com>) escribió:
Hola:
Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R.
*fecha*
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Gracias
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Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
   # newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
   # tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
                  fec      com    pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NAÂ Â Â Â Â Â Â Â Â NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12Â Â -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21Â Â Â 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00   Aragón 1319291 0 NA         NA
5: 2020-05-02 23:00:00   Aragón 1319291 1   1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00   Aragón 1319291 6   5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00Â Asturias 1022800Â 2 NAÂ Â Â Â Â Â Â Â Â NA
8: 2020-05-02 23:00:00Â Asturias 1022800Â 5Â Â Â 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00Â Asturias 1022800Â 5Â Â Â 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por comunidades autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la tasa diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R. *fecha* *comunidad* *poblacion* *casos_totales* 04/03/2020 AndalucÃa 8414240 13 05/03/2020 AndalucÃa 8414240 12 06/03/2020 AndalucÃa 8414240 21 04/03/2020 Aragón 1319291 0 05/03/2020 Aragón 1319291 1 06/03/2020 Aragón 1319291 6 04/03/2020 Asturias 1022800 2 05/03/2020 Asturias 1022800 5 06/03/2020 Asturias 1022800 5 Gracias [[alternative HTML version deleted]]
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Eric Gracias por compartir. Javier Marcuzzi El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz en gmail.com>) escribió:
Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
# newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
fec com pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NA NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12 -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00 Aragón 1319291 0 NA NA
5: 2020-05-02 23:00:00 Aragón 1319291 1 1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00 Aragón 1319291 6 5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00 Asturias 1022800 2 NA NA
8: 2020-05-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R.
*fecha*
*comunidad*
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Eric ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me salen errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
#
https://raw.githubusercontent.com/datasets/covid-19/master/data/time-series-19-covid-combined.csv
datos <-
read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
library(data.table) library(ggplot2) library(anytime) df <-datos df[, fec:=anytime(fec)]
Error in `:=`(fec, anytime(fec)) :
Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...) are
defined for use in j, once only and in particular ways. See help(":=").
setkey(df,com,fec)
Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical = physical) : x is not a data.table
# newc: son los nuevos casos df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by = .(com)) : unused argument (by = .(com))
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1 df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) : unused argument (by = .(com)) El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz en gmail.com>) escribió:
Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
# newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
fec com pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NA NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12 -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00 Aragón 1319291 0 NA NA
5: 2020-05-02 23:00:00 Aragón 1319291 1 1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00 Aragón 1319291 6 5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00 Asturias 1022800 2 NA NA
8: 2020-05-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R.
*fecha*
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Hola, Te sale error porque has cargado el fichero con read.csv(). Si pruebas a cargarlo con "fread()" tus datos tendrán clase data.table. El error que obtienes es porque el objeto df (igual que datos) no es un data.table. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom., 22 mar. 2020 a las 22:45, Javier Marcuzzi (< javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>) escribió:
Eric ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me salen errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
#
datos <-
read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
library(data.table) library(ggplot2) library(anytime) df <-datos df[, fec:=anytime(fec)]
Error in `:=`(fec, anytime(fec)) :
Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...) are
defined for use in j, once only and in particular ways. See help(":=").
setkey(df,com,fec)
Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical = physical) : x is not a data.table
# newc: son los nuevos casos df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by = .(com)) : unused argument (by = .(com))
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1 df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) : unused argument (by = .(com)) El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz en gmail.com>) escribió:
Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
# newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
fec com pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NA NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12 -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00 Aragón 1319291 0 NA NA
5: 2020-05-02 23:00:00 Aragón 1319291 1 1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00 Aragón 1319291 6 5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00 Asturias 1022800 2 NA NA
8: 2020-05-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R.
*fecha*
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*poblacion*
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Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Muchas gracias a todos por su ayuda. Hace un rato antes de abrir el correo, he encontrado dos soluciones a mi problema de como calcular el porcentaje de variación. La primera es usando el paquete dplyr: https://stackoverflow.com/questions/48196552/calculate-percentage-change-in-r-using-dplyr/48196871 La segunda usando la función PercChange del paquete DataCombine https://rdrr.io/cran/DataCombine/man/PercChange.html El dom., 22 mar. 2020 a las 23:51, Carlos Ortega (<cof en qualityexcellence.es>) escribió:
Hola, Te sale error porque has cargado el fichero con read.csv(). Si pruebas a cargarlo con "fread()" tus datos tendrán clase data.table. El error que obtienes es porque el objeto df (igual que datos) no es un data.table. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom., 22 mar. 2020 a las 22:45, Javier Marcuzzi (< javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>) escribió:
Eric ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me salen errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
#
datos <-
read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
library(data.table) library(ggplot2) library(anytime) df <-datos df[, fec:=anytime(fec)]
Error in `:=`(fec, anytime(fec)) :
Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...) are
defined for use in j, once only and in particular ways. See help(":=").
setkey(df,com,fec)
Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical = physical) : x is not a data.table
# newc: son los nuevos casos df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by = .(com)) : unused argument (by = .(com))
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1 df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) : unused argument (by = .(com)) El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz en gmail.com>) escribió:
Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
# newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
fec com pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NA NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12 -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00 Aragón 1319291 0 NA NA
5: 2020-05-02 23:00:00 Aragón 1319291 1 1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00 Aragón 1319291 6 5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00 Asturias 1022800 2 NA NA
8: 2020-05-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la
tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R.
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*comunidad*
*poblacion*
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Gracias
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--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
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_______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
1 day later
Hola a todos, Aprovecho para comentaros que estuve preparando un repositorio en GitHub ( https://github.com/rubenfcasal/COVID-19) para facilitar el acceso a los datos oficiales del COVID-19 por CCAA. Principalmente para los que pueden estar interesados en analizarlos empleando R (web: https://rubenfcasal.github.io/COVID-19), pero también puede ser de utilidad simplemente para consultarlos (tablas: https://rubenfcasal.github.io/COVID-19/COVID-19-tablas.html). Gracias a vuestros mensajes pude descargarme un fichero pdf que me faltaba y también me animé a ponerlo en github por si puede resultar de interés... Un saludo, Rubén. El lun., 23 mar. 2020 a las 3:13, Javier Gómez Gonzalez (< zaragatan en gmail.com>) escribió:
Muchas gracias a todos por su ayuda. Hace un rato antes de abrir el correo, he encontrado dos soluciones a mi problema de como calcular el porcentaje de variación. La primera es usando el paquete dplyr: https://stackoverflow.com/questions/48196552/calculate-percentage-change-in-r-using-dplyr/48196871 La segunda usando la función PercChange del paquete DataCombine https://rdrr.io/cran/DataCombine/man/PercChange.html El dom., 22 mar. 2020 a las 23:51, Carlos Ortega (< cof en qualityexcellence.es>) escribió:
Hola, Te sale error porque has cargado el fichero con read.csv(). Si pruebas a cargarlo con "fread()" tus datos tendrán clase data.table. El error que obtienes es porque el objeto df (igual que datos) no es un data.table. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom., 22 mar. 2020 a las 22:45, Javier Marcuzzi (< javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>) escribió:
Eric ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me salen errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
#
datos <-
read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
library(data.table) library(ggplot2) library(anytime) df <-datos df[, fec:=anytime(fec)]
Error in `:=`(fec, anytime(fec)) :
Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...) are
defined for use in j, once only and in particular ways. See help(":=").
setkey(df,com,fec)
Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical = physical) : x is not a data.table
# newc: son los nuevos casos df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by = .(com))
:
unused argument (by = .(com))
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1 df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) : unused argument (by = .(com)) El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz en gmail.com>) escribió:
Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
# newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
fec com pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NA NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12 -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00 Aragón 1319291 0 NA NA
5: 2020-05-02 23:00:00 Aragón 1319291 1 1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00 Aragón 1319291 6 5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00 Asturias 1022800 2 NA NA
8: 2020-05-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la
tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en R.
*fecha*
*comunidad*
*poblacion*
*casos_totales*
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AndalucÃa
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Gracias
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--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
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Rubén Fernández Casal Dep. Matemáticas UDC [[alternative HTML version deleted]]
Gracias Ruben, muy interesante. Algo asà estuve buscando, por ciudades y a nivel internacional, pero no lo encontré. Me bastarÃa con el número de fallecimientos por dÃa, de cuantas más ciudades del mundo mejor. Si alguno supiera de algo asÃ, le agradecerÃa que me lo comunicase. Un saludo, Manuel El mar., 24 mar. 2020 a las 21:04, Rubén Fernández Casal (< rubenfcasal en gmail.com>) escribió:
Hola a todos, Aprovecho para comentaros que estuve preparando un repositorio en GitHub ( https://github.com/rubenfcasal/COVID-19) para facilitar el acceso a los datos oficiales del COVID-19 por CCAA. Principalmente para los que pueden estar interesados en analizarlos empleando R (web: https://rubenfcasal.github.io/COVID-19), pero también puede ser de utilidad simplemente para consultarlos (tablas: https://rubenfcasal.github.io/COVID-19/COVID-19-tablas.html). Gracias a vuestros mensajes pude descargarme un fichero pdf que me faltaba y también me animé a ponerlo en github por si puede resultar de interés... Un saludo, Rubén. El lun., 23 mar. 2020 a las 3:13, Javier Gómez Gonzalez (< zaragatan en gmail.com>) escribió:
Muchas gracias a todos por su ayuda. Hace un rato antes de abrir el correo, he encontrado dos soluciones a mi problema de como calcular el porcentaje de variación. La primera es usando el paquete dplyr:
La segunda usando la función PercChange del paquete DataCombine https://rdrr.io/cran/DataCombine/man/PercChange.html El dom., 22 mar. 2020 a las 23:51, Carlos Ortega (< cof en qualityexcellence.es>) escribió:
Hola, Te sale error porque has cargado el fichero con read.csv(). Si pruebas a cargarlo con "fread()" tus datos tendrán clase data.table. El error que obtienes es porque el objeto df (igual que datos) no es un data.table. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom., 22 mar. 2020 a las 22:45, Javier Marcuzzi (< javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>) escribió:
Eric ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me salen errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
#
datos <-
read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
library(data.table) library(ggplot2) library(anytime) df <-datos df[, fec:=anytime(fec)]
Error in `:=`(fec, anytime(fec)) : Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...)
are
defined for use in j, once only and in particular ways. See
help(":=").
setkey(df,com,fec)
Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical = physical) : x is not a data.table
# newc: son los nuevos casos df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by =
.(com))
:
unused argument (by = .(com))
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1 df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) : unused argument (by = .(com)) El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz en gmail.com>) escribió:
Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
# newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
fec com pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NA NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12 -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00 Aragón 1319291 0 NA NA
5: 2020-05-02 23:00:00 Aragón 1319291 1 1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00 Aragón 1319291 6 5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00 Asturias 1022800 2 NA NA
8: 2020-05-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y la
tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en
R.
*fecha*
*comunidad*
*poblacion*
*casos_totales*
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Gracias
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--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
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Rubén Fernández Casal
Dep. Matemáticas
UDC
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Hola, Aqui tenéis un dataset completo que actualizan todos los dÃas con datos de provincias de todo el mundo. hay además varios proyectos que se llevan en marcha para explotar los datos. https://www.kaggle.com/imdevskp/corona-virus-report y aqui muchos más datos sobre todo de España y muchas aplicaciones hechas ya sobre esos datos. https://github.com/datadista/datasets/tree/master/COVID%2019 El mié., 25 mar. 2020 a las 9:55, Manuel Mendoza (< mmendoza en fulbrightmail.org>) escribió:
Gracias Ruben, muy interesante. Algo asà estuve buscando, por ciudades y a nivel internacional, pero no lo encontré. Me bastarÃa con el número de fallecimientos por dÃa, de cuantas más ciudades del mundo mejor. Si alguno supiera de algo asÃ, le agradecerÃa que me lo comunicase. Un saludo, Manuel El mar., 24 mar. 2020 a las 21:04, Rubén Fernández Casal (< rubenfcasal en gmail.com>) escribió:
Hola a todos, Aprovecho para comentaros que estuve preparando un repositorio en GitHub
(
https://github.com/rubenfcasal/COVID-19) para facilitar el acceso a los datos oficiales del COVID-19 por CCAA. Principalmente para los que pueden estar interesados en analizarlos empleando R (web: https://rubenfcasal.github.io/COVID-19), pero también puede ser de utilidad simplemente para consultarlos (tablas: https://rubenfcasal.github.io/COVID-19/COVID-19-tablas.html). Gracias a vuestros mensajes pude descargarme un fichero pdf que me
faltaba
y también me animé a ponerlo en github por si puede resultar de
interés...
Un saludo, Rubén. El lun., 23 mar. 2020 a las 3:13, Javier Gómez Gonzalez (< zaragatan en gmail.com>) escribió:
Muchas gracias a todos por su ayuda. Hace un rato antes de abrir el correo, he encontrado dos soluciones a
mi
problema de como calcular el porcentaje de variación. La primera es usando el paquete dplyr:
La segunda usando la función PercChange del paquete DataCombine https://rdrr.io/cran/DataCombine/man/PercChange.html El dom., 22 mar. 2020 a las 23:51, Carlos Ortega (< cof en qualityexcellence.es>) escribió:
Hola, Te sale error porque has cargado el fichero con read.csv(). Si pruebas a cargarlo con "fread()" tus datos tendrán clase
data.table.
El error que obtienes es porque el objeto df (igual que datos) no es
un
data.table. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom., 22 mar. 2020 a las 22:45, Javier Marcuzzi (< javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>) escribió:
Eric ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me salen errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
#
datos <-
read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
library(data.table) library(ggplot2) library(anytime) df <-datos df[, fec:=anytime(fec)]
Error in `:=`(fec, anytime(fec)) : Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and `:=`(...)
are
defined for use in j, once only and in particular ways. See
help(":=").
setkey(df,com,fec)
Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical = physical) : x is not a data.table
# newc: son los nuevos casos df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by =
.(com))
:
unused argument (by = .(com))
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1 df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) : unused argument (by = .(com)) El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<ericconchamunoz en gmail.com
)
escribió:
Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
# newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
fec com pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NA NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12 -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00 Aragón 1319291 0 NA NA
5: 2020-05-02 23:00:00 Aragón 1319291 1 1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00 Aragón 1319291 6 5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00 Asturias 1022800 2 NA NA
8: 2020-05-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus por
comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos y
la
tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo en
R.
*fecha*
*comunidad*
*poblacion*
*casos_totales*
04/03/2020
AndalucÃa
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Saludos,
Carlos Ortega
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Rubén Fernández Casal
Dep. Matemáticas
UDC
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Estimados Otra fuente es https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19 , en github hay varios escritos con datos, códigos, reportes, para ser sincero, mire cuatro o cinco, todos semejantes, contar muertos, vivos, algunos predicen, pero estoy cansado de cientÃficos que analizando datos decÃan por donde irÃa el virus, y el virus no les hace caso, por suerte la televisión en Argentina ya no los pasa más. Lo que sà ve como interesante en github es uno que propone analizar radiografÃas pulmonares, y en lo particular como profesional del arte de curar creo que serÃa bueno con redes buscar puntos que no son tenidos en cuenta, para que los profesionales de la salud sepan por ejemplo, en x, y hay esto que se pondera en 0,5 y no tenemos ni idea que es, hay que buscarlo, investigarlo, etc. Javier Rubén Marcuzzi El mié., 25 mar. 2020 a las 8:46, Jorge Pradas (<jorpramo en gmail.com>) escribió:
Hola, Aqui tenéis un dataset completo que actualizan todos los dÃas con datos de provincias de todo el mundo. hay además varios proyectos que se llevan en marcha para explotar los datos. https://www.kaggle.com/imdevskp/corona-virus-report y aqui muchos más datos sobre todo de España y muchas aplicaciones hechas ya sobre esos datos. https://github.com/datadista/datasets/tree/master/COVID%2019 El mié., 25 mar. 2020 a las 9:55, Manuel Mendoza (< mmendoza en fulbrightmail.org>) escribió:
Gracias Ruben, muy interesante. Algo asà estuve buscando, por ciudades y
a
nivel internacional, pero no lo encontré. Me bastarÃa con el número de fallecimientos por dÃa, de cuantas más ciudades del mundo mejor. Si
alguno
supiera de algo asÃ, le agradecerÃa que me lo comunicase. Un saludo, Manuel El mar., 24 mar. 2020 a las 21:04, Rubén Fernández Casal (< rubenfcasal en gmail.com>) escribió:
Hola a todos, Aprovecho para comentaros que estuve preparando un repositorio en
GitHub
(
https://github.com/rubenfcasal/COVID-19) para facilitar el acceso a
los
datos oficiales del COVID-19 por CCAA. Principalmente para los que
pueden
estar interesados en analizarlos empleando R (web: https://rubenfcasal.github.io/COVID-19), pero también puede ser de utilidad simplemente para consultarlos (tablas: https://rubenfcasal.github.io/COVID-19/COVID-19-tablas.html). Gracias a vuestros mensajes pude descargarme un fichero pdf que me
faltaba
y también me animé a ponerlo en github por si puede resultar de
interés...
Un saludo, Rubén. El lun., 23 mar. 2020 a las 3:13, Javier Gómez Gonzalez (< zaragatan en gmail.com>) escribió:
Muchas gracias a todos por su ayuda. Hace un rato antes de abrir el correo, he encontrado dos soluciones a
mi
problema de como calcular el porcentaje de variación. La primera es usando el paquete dplyr:
La segunda usando la función PercChange del paquete DataCombine https://rdrr.io/cran/DataCombine/man/PercChange.html El dom., 22 mar. 2020 a las 23:51, Carlos Ortega (< cof en qualityexcellence.es>) escribió:
Hola, Te sale error porque has cargado el fichero con read.csv(). Si pruebas a cargarlo con "fread()" tus datos tendrán clase
data.table.
El error que obtienes es porque el objeto df (igual que datos) no
es
un
data.table. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom., 22 mar. 2020 a las 22:45, Javier Marcuzzi (< javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>) escribió:
Eric ¿Que dataset utilizo? Por curiosidad probé su código, pero me
salen
errores. Copio y pego todo como me sale en la consola.
#
datos <-
read.csv("C:/Users/HP/Downloads/time-series-19-covid-combined.csv")
library(data.table) library(ggplot2) library(anytime) df <-datos df[, fec:=anytime(fec)]
Error in `:=`(fec, anytime(fec)) : Check that is.data.table(DT) == TRUE. Otherwise, := and
`:=`(...)
are
defined for use in j, once only and in particular ways. See
help(":=").
setkey(df,com,fec)
Error in setkeyv(x, cols, verbose = verbose, physical =
physical) :
x is not a data.table
# newc: son los nuevos casos df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(newc, ct - shift(ct)), by =
.(com))
:
unused argument (by = .(com))
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 - ct1)/ct1 df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
Error in `[.data.frame`(df, , `:=`(tasa, newc/ct), by = .(com)) : unused argument (by = .(com)) El dom., 22 mar. 2020 a las 16:52, neo (<
ericconchamunoz en gmail.com
)
escribió:
Hola Javier, yo lo hice de la siguiente forma:
library(data.table)
library(ggplot2)
library(anytime)
df <- fread("/home/neo/Desktop/rhelp/spain.csv")
df[, fec:=anytime(fec)]
setkey(df,com,fec)
# newc: son los nuevos casos
df[, newc:=ct - shift(ct), by=.(com)]
# tasa: es la tasa de cambio que calculé asà (ct2 -
ct1)/ct1
df[, tasa:=newc/ct, by=.(com)]
y obtuve lo siguiente:
fec com pob ct newc tasa
1: 2020-04-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 13 NA NA
2: 2020-05-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 12 -1 -0.08333333
3: 2020-06-02 23:00:00 AndalucÃa 8414240 21 9 0.42857143
4: 2020-04-02 23:00:00 Aragón 1319291 0 NA NA
5: 2020-05-02 23:00:00 Aragón 1319291 1 1 1.00000000
6: 2020-06-02 23:00:00 Aragón 1319291 6 5 0.83333333
7: 2020-04-02 23:00:00 Asturias 1022800 2 NA NA
8: 2020-05-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 3 0.60000000
9: 2020-06-02 23:00:00 Asturias 1022800 5 0 0.00000000
Espero que te sirva.
Saludos !!
Eric.
On 21-03-20 14:42, Javier Gómez Gonzalez wrote:
Hola: Tengo los datos diarios del número de casos de coronavirus
por
comunidades
autónomas y quiero calcular el número diario de nuevos casos
y
la
tasa
diaria de variación del número de casos y no se como hacerlo
en
R.
*fecha*
*comunidad*
*poblacion*
*casos_totales*
04/03/2020
AndalucÃa
8414240
13
05/03/2020
AndalucÃa
8414240
12
06/03/2020
AndalucÃa
8414240
21
04/03/2020
Aragón
1319291
0
05/03/2020
Aragón
1319291
1
06/03/2020
Aragón
1319291
6
04/03/2020
Asturias
1022800
2
05/03/2020
Asturias
1022800
5
06/03/2020
Asturias
1022800
5
Gracias
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Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
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Rubén Fernández Casal
Dep. Matemáticas
UDC
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