[R-es] intercalar elementos de vectores

 Buenas a todos.
Relato el problema:

- tengo un archivo de 316 columnas por 562000 filas (aprox.).
- esas 316 columnas representan 158 sujetos, o sea dos columnas por cada
individuo conteniendo información que debe ser condensada en una sola.

Lo que necesito es ir tomando las dos columnas de cada individuo e
intercalar los elementos de los vectores formando uno solo.

Ejemplificando sería algo así:

a

[1] "a" "a" "a" "a" "a"

b

[1] "b" "b" "b" "b" "b"

c

 [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"


Estoy haciendo con un loop for pero es realmente muy lento. He buscado por
algún paquete que ya lo haga directamente pero no he tenido mucho éxito. Me
imagino que con sapply o apply pueda ser mucho más efectivo pero me ha
resultado complicado para entender la sintaxis de estas funciones cuando
involucra más de un objeto (vector, matriz, etc...).

Desde ya agradezco las sugerencias que puedan verter sobre este problema.

--
Fernando Macedo

        [[alternative HTML version deleted]]

 Buenas a todos.
Relato el problema:

- tengo un archivo de 316 columnas por 562000 filas (aprox.).
- esas 316 columnas representan 158 sujetos, o sea dos columnas por cada
individuo conteniendo información que debe ser condensada en una sola.

Lo que necesito es ir tomando las dos columnas de cada individuo e
intercalar los elementos de los vectores formando uno solo.

Ejemplificando sería algo así:

a

[1] "a" "a" "a" "a" "a"

b

[1] "b" "b" "b" "b" "b"

c

 [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"


Estoy haciendo con un loop for pero es realmente muy lento. He buscado por
algún paquete que ya lo haga directamente pero no he tenido mucho éxito. Me
imagino que con sapply o apply pueda ser mucho más efectivo pero me ha
resultado complicado para entender la sintaxis de estas funciones cuando
involucra más de un objeto (vector, matriz, etc...).

Desde ya agradezco las sugerencias que puedan verter sobre este problema.

--
Fernando Macedo

        [[alternative HTML version deleted]]

#Creo un data.frame de ejemplo todo con letras
vtmp <- as.data.frame(lapply(letters,function(x) { rep(x,each=50) }))
names(vtmp) <- paste("col",LETTERS,sep="")
head(vtmp)

#Los números de columnas impares de mi data.frame
matIndex <- seq(1, dim(vtmp)[2], by=2)

#Función para juntar dos columnas (idea de Jorge)
mifun <- function(x,y) c(rbind(as.vector(vtmp[,x]),as.vector(vtmp[,y])))

#Resulado aplicando mapply. Coge dos columnas consecutivas y las alterna
#y así de forma iterativa para cada una de las columnas que indica

resultado <- mapply(mifun,matIndex, matIndex+1)
head(kk)

 Excelente! Ahora corre muy rápido. No conocía ese método, creo que me va a
resultar muy útil.

Muchas gracias y saludos.

Fernando Macedo

El 24/02/15 a las 10:51, Jorge I Velez escribió:

 Fernando,

 Podrias intentar

 R> a <- rep('a', 5)
R> b <- rep('b', 5)
R> a
[1] "a" "a" "a" "a" "a"
R> b
[1] "b" "b" "b" "b" "b"
R> c(rbind(a, b))
  [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"

 Saludos,
Jorge.-


2015-02-24 23:49 GMT+11:00 Fernando Macedo <fermace en gmail.com>:

 Buenas a todos.
Relato el problema:

- tengo un archivo de 316 columnas por 562000 filas (aprox.).
- esas 316 columnas representan 158 sujetos, o sea dos columnas por cada
individuo conteniendo información que debe ser condensada en una sola.

Lo que necesito es ir tomando las dos columnas de cada individuo e
intercalar los elementos de los vectores formando uno solo.

Ejemplificando sería algo así:

a

[1] "a" "a" "a" "a" "a"

b

[1] "b" "b" "b" "b" "b"

c

 [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"


Estoy haciendo con un loop for pero es realmente muy lento. He buscado

por

algún paquete que ya lo haga directamente pero no he tenido mucho éxito.

Me

imagino que con sapply o apply pueda ser mucho más efectivo pero me ha
resultado complicado para entender la sintaxis de estas funciones cuando
involucra más de un objeto (vector, matriz, etc...).

Desde ya agradezco las sugerencias que puedan verter sobre este problema.

--
Fernando Macedo

        [[alternative HTML version deleted]]

        [[alternative HTML version deleted]]

Hola,

Este otro ejemplo a partir de la idea de Jorge, de cómo procesar toda la
tabla que tienes:

#Creo un data.frame de ejemplo todo con letras
vtmp <- as.data.frame(lapply(letters,function(x) { rep(x,each=50) }))
names(vtmp) <- paste("col",LETTERS,sep="")
head(vtmp)

  colA colB colC colD colE colF colG colH colI colJ colK colL colM colN
colO colP colQ colR colS colT colU colV colW colX colY colZ
1    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
2    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
3    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
4    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
5    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
6    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z

#Los números de columnas impares de mi data.frame
matIndex <- seq(1, dim(vtmp)[2], by=2)

#Función para juntar dos columnas (idea de Jorge)
mifun <- function(x,y) c(rbind(as.vector(vtmp[,x]),as.vector(vtmp[,y])))

#Resulado aplicando mapply. Coge dos columnas consecutivas y las alterna
#y así de forma iterativa para cada una de las columnas que indica

"matIndex" y la siguiente columna "matIndex+1"

resultado <- mapply(mifun,matIndex, matIndex+1)
head(kk)

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[2,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"
[3,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[4,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"
[5,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[6,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 24 de febrero de 2015, 14:10, Fernando Macedo <fermace en gmail.com>
escribió:

 Excelente! Ahora corre muy rápido. No conocía ese método, creo que me va a

resultar muy útil.

Muchas gracias y saludos.

Fernando Macedo

El 24/02/15 a las 10:51, Jorge I Velez escribió:

 Fernando,

 Podrias intentar

 R> a <- rep('a', 5)
R> b <- rep('b', 5)
R> a
[1] "a" "a" "a" "a" "a"
R> b
[1] "b" "b" "b" "b" "b"
R> c(rbind(a, b))
  [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"

 Saludos,
Jorge.-


2015-02-24 23:49 GMT+11:00 Fernando Macedo <fermace en gmail.com>:

 Buenas a todos.
Relato el problema:

- tengo un archivo de 316 columnas por 562000 filas (aprox.).
- esas 316 columnas representan 158 sujetos, o sea dos columnas por cada
individuo conteniendo información que debe ser condensada en una sola.

Lo que necesito es ir tomando las dos columnas de cada individuo e
intercalar los elementos de los vectores formando uno solo.

Ejemplificando sería algo así:

a

[1] "a" "a" "a" "a" "a"

b

[1] "b" "b" "b" "b" "b"

c

 [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"


Estoy haciendo con un loop for pero es realmente muy lento. He buscado

por

algún paquete que ya lo haga directamente pero no he tenido mucho

éxito. Me

imagino que con sapply o apply pueda ser mucho más efectivo pero me ha
resultado complicado para entender la sintaxis de estas funciones cuando
involucra más de un objeto (vector, matriz, etc...).

Desde ya agradezco las sugerencias que puedan verter sobre este

problema.

--
Fernando Macedo

        [[alternative HTML version deleted]]

        [[alternative HTML version deleted]]

--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

 Hola,

 Este otro ejemplo a partir de la idea de Jorge, de cómo procesar toda la
tabla que tienes:

#Creo un data.frame de ejemplo todo con letras
vtmp <- as.data.frame(lapply(letters,function(x) { rep(x,each=50) }))
names(vtmp) <- paste("col",LETTERS,sep="")
head(vtmp)

  colA colB colC colD colE colF colG colH colI colJ colK colL colM colN
colO colP colQ colR colS colT colU colV colW colX colY colZ
1    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
2    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
3    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
4    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
5    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
6    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m    n
o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z

#Los números de columnas impares de mi data.frame
matIndex <- seq(1, dim(vtmp)[2], by=2)

#Función para juntar dos columnas (idea de Jorge)
mifun <- function(x,y) c(rbind(as.vector(vtmp[,x]),as.vector(vtmp[,y])))

#Resulado aplicando mapply. Coge dos columnas consecutivas y las alterna
#y así de forma iterativa para cada una de las columnas que indica

"matIndex" y la siguiente columna "matIndex+1"

resultado <- mapply(mifun,matIndex, matIndex+1)
head(kk)

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[2,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"
[3,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[4,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"
[5,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[6,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"

 Saludos,
 Carlos Ortega
 www.qualityexcellence.es

El 24 de febrero de 2015, 14:10, Fernando Macedo <fermace en gmail.com>
escribió:

 Excelente! Ahora corre muy rápido. No conocía ese método, creo que me va a

resultar muy útil.

Muchas gracias y saludos.

Fernando Macedo

El 24/02/15 a las 10:51, Jorge I Velez escribió:

 Fernando,

 Podrias intentar

 R> a <- rep('a', 5)
R> b <- rep('b', 5)
R> a
[1] "a" "a" "a" "a" "a"
R> b
[1] "b" "b" "b" "b" "b"
R> c(rbind(a, b))
  [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"

 Saludos,
Jorge.-


2015-02-24 23:49 GMT+11:00 Fernando Macedo <fermace en gmail.com>:

 Buenas a todos.
Relato el problema:

- tengo un archivo de 316 columnas por 562000 filas (aprox.).
- esas 316 columnas representan 158 sujetos, o sea dos columnas por cada
individuo conteniendo información que debe ser condensada en una sola.

Lo que necesito es ir tomando las dos columnas de cada individuo e
intercalar los elementos de los vectores formando uno solo.

Ejemplificando sería algo así:

a

[1] "a" "a" "a" "a" "a"

b

[1] "b" "b" "b" "b" "b"

c

 [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"


Estoy haciendo con un loop for pero es realmente muy lento. He buscado

por

algún paquete que ya lo haga directamente pero no he tenido mucho

éxito. Me

imagino que con sapply o apply pueda ser mucho más efectivo pero me ha
resultado complicado para entender la sintaxis de estas funciones cuando
involucra más de un objeto (vector, matriz, etc...).

Desde ya agradezco las sugerencias que puedan verter sobre este

problema.

--
Fernando Macedo

        [[alternative HTML version deleted]]

        [[alternative HTML version deleted]]

--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

 Muchas gracias a los dos, los ejemplos de uso de las funciones *apply
siempre son bienvenidos.

Saludos

Fernando Macedo

El 24/02/15 a las 12:12, Jorge I Velez escribió:

 Gracias, Carlos.

 Habia pensado en algo similar usando sapply():

 sapply(seq(1, ncol(vtmp), by = 2), function(i)
c(rbind(as.character(vtmp[, i]), as.character(vtmp[, i+1]))))

 Dependiendo de la dimension de los datos, quizas mapply() sea
mas eficiente que sapply().

 Saludos cordiales,
Jorge.-


 2015-02-25 1:01 GMT+11:00 Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>:

 Hola,

 Este otro ejemplo a partir de la idea de Jorge, de cómo procesar toda
la tabla que tienes:

#Creo un data.frame de ejemplo todo con letras
vtmp <- as.data.frame(lapply(letters,function(x) { rep(x,each=50) }))
names(vtmp) <- paste("col",LETTERS,sep="")
head(vtmp)

  colA colB colC colD colE colF colG colH colI colJ colK colL colM colN
colO colP colQ colR colS colT colU colV colW colX colY colZ
1    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m
n    o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
2    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m
n    o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
3    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m
n    o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
4    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m
n    o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
5    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m
n    o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z
6    a    b    c    d    e    f    g    h    i    j    k    l    m
n    o    p    q    r    s    t    u    v    w    x    y    z

#Los números de columnas impares de mi data.frame
matIndex <- seq(1, dim(vtmp)[2], by=2)

#Función para juntar dos columnas (idea de Jorge)
mifun <- function(x,y) c(rbind(as.vector(vtmp[,x]),as.vector(vtmp[,y])))

#Resulado aplicando mapply. Coge dos columnas consecutivas y las alterna
#y así de forma iterativa para cada una de las columnas que indica

"matIndex" y la siguiente columna "matIndex+1"

resultado <- mapply(mifun,matIndex, matIndex+1)
head(kk)

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[2,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"
[3,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[4,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"
[5,] "a"  "c"  "e"  "g"  "i"  "k"  "m"  "o"  "q"  "s"   "u"   "w"   "y"
[6,] "b"  "d"  "f"  "h"  "j"  "l"  "n"  "p"  "r"  "t"   "v"   "x"   "z"

 Saludos,
 Carlos Ortega
 www.qualityexcellence.es

El 24 de febrero de 2015, 14:10, Fernando Macedo <fermace en gmail.com>
escribió:

 Excelente! Ahora corre muy rápido. No conocía ese método, creo que me va

a
resultar muy útil.

Muchas gracias y saludos.

Fernando Macedo

El 24/02/15 a las 10:51, Jorge I Velez escribió:

 Fernando,

 Podrias intentar

 R> a <- rep('a', 5)
R> b <- rep('b', 5)
R> a
[1] "a" "a" "a" "a" "a"
R> b
[1] "b" "b" "b" "b" "b"
R> c(rbind(a, b))
  [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"

 Saludos,
Jorge.-


2015-02-24 23:49 GMT+11:00 Fernando Macedo <fermace en gmail.com>:

 Buenas a todos.
Relato el problema:

- tengo un archivo de 316 columnas por 562000 filas (aprox.).
- esas 316 columnas representan 158 sujetos, o sea dos columnas por

cada

individuo conteniendo información que debe ser condensada en una sola.

Lo que necesito es ir tomando las dos columnas de cada individuo e
intercalar los elementos de los vectores formando uno solo.

Ejemplificando sería algo así:

a

[1] "a" "a" "a" "a" "a"

b

[1] "b" "b" "b" "b" "b"

c

 [1] "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b" "a" "b"


Estoy haciendo con un loop for pero es realmente muy lento. He buscado

por

algún paquete que ya lo haga directamente pero no he tenido mucho

éxito. Me

imagino que con sapply o apply pueda ser mucho más efectivo pero me ha
resultado complicado para entender la sintaxis de estas funciones

cuando

involucra más de un objeto (vector, matriz, etc...).

Desde ya agradezco las sugerencias que puedan verter sobre este

problema.

--
Fernando Macedo

        [[alternative HTML version deleted]]

        [[alternative HTML version deleted]]

--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es