[R-es] error com un archivo

Hola a todos,

Me gustaria pedir vuestra ayuda a encontrar el error que no consigo
encontrar en este archivo. He revisado todo mil veces y probado y no doy
con ello.Adjunto el archivo con Google drive porque es muy grande.

?
 monicap_50.csv
<https://docs.google.com/file/d/0B8o2KrPEgG7ATlBMc19lTVk1d3M/edit?usp=drive_web>
?
Este es el script, y lo que no entiendo que pasa es que tengo 592044 datos
despues de limpiar los NA quedan 586561 datos , y cuando utilizo el script
la suma de z2+z4+z5+z6 , que son los estados deberia de darme lo mismo que
Z1 que es el valor total de datos pero no se que error existe que me dan
mas datos que los que hay.He comparado con el archivo en excel y los datos
de na estan correctos.

library(chron)
  library(xlsx)
 filename<-"monicap_50.csv"
  DBxy<-read.csv(filename, sep=";",header=TRUE,dec=",")
 DBx<-na.omit(DBxy)
 names(DBx)<-c("Boat","DateTime","TimeDiff", "Latitude", "Longitude",
"Course", "Speed", "distNm", "calcSpeed", "calcCourse", "distHb",
"Harbour", "idTrip","vmsAngle", "calcAngle", "vmsLeg", "calcLeg",
"Trip_vmsLeg", "Trip_calcLeg", "lengthTrip", "lengthTrip_vmsLeg",
"lengthTrip_calcLeg","Time", "Date")
  #Formatting date and time variables
  DBx$Date<-strptime(DBx$Date, "%d-%m-%Y")
  DBx$Year<-as.POSIXlt(DBx$Date)$year+1900
  if(filename!="monicap_50.csv") {DBx$Time<-paste(DBx$Time, ":00",
sep="")}   #NOT necessary for Monicap and Univerest_50
  DBx$Time<-times(DBx$Time)       #Works for Monicap AND UNIVEREST_50  ONLY
  DBx$Boat<-gsub("^\\s+|\\s+$", "", DBx$Boat)
   #Read file with boat codes and gears
  codeBoats<- read.csv("CODES_2002-2010New.csv",
sep=",",header=TRUE)            #Laptop
  codeBoats$CODIGO<-gsub("^\\s+|\\s+$", "", codeBoats$CODIGO)
 #Assigning a Fishing license based on Boat and Year
  DBx$gear<-codeBoats$Lic[match(paste(DBx$Boat,DBx$Year),
paste(codeBoats$CODIGO,codeBoats$Year))]
z0<-length(DBx$gear)
 z1<-length(DBx$gear)
  z1
 #defining speed and distance limits
      speedFishing<-2.0
      speedHarb<-1.0
      distHbRule<-3.0
speedSteam<-2.0
      minTime<-times(c("05:59:59"))        #usual beginning of fishing
operations
      maxTime<- times(c("20:59:59"))        #usual finishing of fishing
operations
       #Selecting Harbour
        DBharbour<- na.omit(DBx[DBx$distHb<=distHbRule &
DBx$calcSpeed<=speedHarb,])
        DBharbour$State<-"Harbour"   #MONICAP= 10618; UNIVER1= ; UNIVER2= ;
UNIVEREST= 1028
        z2<-length(DBharbour$State)
 #Selecting Steaming
        DBsteaming<- na.omit(DBx[(DBx$calcSpeed>speedFishing) |
(DBx$distHb<=distHbRule & DBx$calcSpeed>speedHarb),])
        DBsteaming$State<- "Steaming" #MONICAP= 88398; UNIVER1= ; UNIVER2=
; UNIVEREST= 53748
        DBsteaming$Harbour<-""
        z4<-length(DBsteaming$State)
         #Selecting Fishing
        DBfishing<- na.omit(DBx[(DBx$calcSpeed<=speedFishing &
DBx$distHb>distHbRule & DBx$Time>minTime & DBx$Time<=maxTime),])
        DBfishing$State<-"Fishing"
  DBfishing$Harbour<-""
        z5<-length(DBfishing$State)
       #Selecting nigth
        DBnight<- na.omit(DBx[(DBx$calcSpeed<=speedFishing &
DBx$distHb>distHbRule &(DBx$Time<=minTime | DBx$Time>maxTime)),])
        DBnight$State<-"Night"  #MONICAP=10434; UNIVER1= 16677; UNIVER2=
25789
        DBnight$Harbour<-""
        z6<-length(DBnight$State)

Si alguien ve el error y puede echarme una mano agradeceria, si no pues
seguire peleandome con el archivo!

Muchas gracias, un saludo
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Name: CODES_2002-2010New.csv
Type: text/csv
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