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[R-es] Modelo mixto en R

5 messages · Manuel Spínola, Olivier Nuñez, Javier Marcuzzi

Original
Manuel Spínola
# 
Hola Olivier,

Adjunto los datos.

Manuel

El 31 de octubre de 2016, 3:29, Olivier Nuñez <onunez en unex.es> escribió:

  
    

      
      
    

  


  


    

    

      
      

        


  

        

      Olivier Nuñez
    

    

      
      #
    

  


  

      
Una ultima pregunta: 
supongo que las subparcelas A, B, C y D no tienen caracteristicas particulares. 
Es decir, que las letras A,B,C y D no se refieren por ejemplo a una cierta composición del suelo o algo parecido. 
Son letras para distinguirlas y nada más. Es así? 



De: "Manuel Spínola" <mspinola10 en gmail.com> 
Para: "Olivier Nuñez" <onunez en unex.es> 
CC: "R" <r-help-es en r-project.org> 
Enviados: Martes, 1 de Noviembre 2016 13:53:01 
Asunto: Re: [R-es] Modelo mixto en R 

Hola Olivier, 
Adjunto los datos. 

Manuel 

El 31 de octubre de 2016, 3:29, Olivier Nuñez < onunez en unex.es > escribió: 


Manuel, 

no estoy seguro de entender el diseño. 
Cada parcela recibe los 4 tratamientos (un tratamiento por subparcela de una misma parcela)? 
Las "ocasiones" (supongo que instantes) son los mismos para cada parcela*tratamiento? 
Si mandas un ejemplo de base de datos igual ayudaría a entender el diseño.... 
Un saludo. Olivier 


----- Mensaje original ----- 
De: "Manuel Spínola" < mspinola10 en gmail.com > 
Para: "R" < r-help-es en r-project.org > 
Enviados: Sábado, 29 de Octubre 2016 14:56:02 
Asunto: [R-es] Modelo mixto en R 

Hola quisiera saber como parameterizar el siguiente diseño con lme4. 

Tengo 4 tratamientos, con 4 parcelas cada uno, divididas a su vez en 4 
subparcelas, y se han tomado 5 medidas repetidas (5 ocasiones) y se quiere 
ver el cambio en la variable respuesta producido por los tratamientos a 
través de las 5 ocasiones. 

Mi intento con lmer es el siguiente: 

mod <- lmer(variable respuesta ~ ocasión * tratamiento + (ocasión | 
parcela/subparcela) 

Es correcta esta forma de parameterización del diseño planteado? 

Saludos, 

Manuel Spínola 



-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.* 
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre 
Universidad Nacional 
Apartado 1350-3000 
Heredia 
COSTA RICA 
mspinola en una.cr < mspinola en una.ac.cr > 
mspinola10 en gmail.com 
Teléfono: (506) 8706 - 4662 
Personal website: Lobito de río < https://sites.google.com/site/lobitoderio/ > 
Institutional website: ICOMVIS < http://www.icomvis.una.ac.cr/ > 


_______________________________________________ 
R-help-es mailing list 
R-help-es en r-project.org 
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

  
    

      
      
    

  


  


      

    

    

      
      

        


  

        

      Olivier Nuñez
    

    

      
      #
    

  


  

      
Bueno, 

dando por hecho lo anterior, tu modelo me parece corecto para contestar a la pregunta que planteas. 
Sin embargo, es posible que experimentes problemas de convergencia con estos datos. 
Te aconsejo tipificar la variable "colecta": 

datos$colecta=scale(datos$colecta) 

Un saludo. Olivier 


De: "Manuel Spínola" <mspinola10 en gmail.com> 
Para: "Olivier Nuñez" <onunez en unex.es> 
CC: "R" <r-help-es en r-project.org> 
Enviados: Martes, 1 de Noviembre 2016 13:53:01 
Asunto: Re: [R-es] Modelo mixto en R 

Hola Olivier, 
Adjunto los datos. 

Manuel 

El 31 de octubre de 2016, 3:29, Olivier Nuñez < onunez en unex.es > escribió: 


Manuel, 

no estoy seguro de entender el diseño. 
Cada parcela recibe los 4 tratamientos (un tratamiento por subparcela de una misma parcela)? 
Las "ocasiones" (supongo que instantes) son los mismos para cada parcela*tratamiento? 
Si mandas un ejemplo de base de datos igual ayudaría a entender el diseño.... 
Un saludo. Olivier 


----- Mensaje original ----- 
De: "Manuel Spínola" < mspinola10 en gmail.com > 
Para: "R" < r-help-es en r-project.org > 
Enviados: Sábado, 29 de Octubre 2016 14:56:02 
Asunto: [R-es] Modelo mixto en R 

Hola quisiera saber como parameterizar el siguiente diseño con lme4. 

Tengo 4 tratamientos, con 4 parcelas cada uno, divididas a su vez en 4 
subparcelas, y se han tomado 5 medidas repetidas (5 ocasiones) y se quiere 
ver el cambio en la variable respuesta producido por los tratamientos a 
través de las 5 ocasiones. 

Mi intento con lmer es el siguiente: 

mod <- lmer(variable respuesta ~ ocasión * tratamiento + (ocasión | 
parcela/subparcela) 

Es correcta esta forma de parameterización del diseño planteado? 

Saludos, 

Manuel Spínola 



-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.* 
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre 
Universidad Nacional 
Apartado 1350-3000 
Heredia 
COSTA RICA 
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      Manuel Spínola
    

    

      
      #
    

  


  

      
Exacto, no tienen características particulares.

Manuel

El 2 de noviembre de 2016, 4:23, Olivier Nuñez <onunez en unex.es> escribió:

            

      
      
      
    

        

      
      
    

            

      
      
      
    

        

  
    

      
      
    

  


  


      

    

    

      
      

        


  

        

      Javier Marcuzzi
    

    

      
      #
    

  


  

      
Estimados

No estoy siguiendo el hilo de la conversación, pero por tratamiento, parcela, repetido, modelo mixto, puedo suponer que tendría algo de actividad agropecuaria, o semejante, al respecto hay ejemplos en https://cran.r-project.org/web/packages/agricolae/agricolae.pdf 

Javier Rubén Marcuzzi

De: Olivier Nuñez
Enviado: miércoles, 2 de noviembre de 2016 8:13
Para: Manuel Spínola
CC: R
Asunto: Re: [R-es] Modelo mixto en R

Bueno, 

dando por hecho lo anterior, tu modelo me parece corecto para contestar a la pregunta que planteas. 
Sin embargo, es posible que experimentes problemas de convergencia con estos datos. 
Te aconsejo tipificar la variable "colecta": 

datos$colecta=scale(datos$colecta) 

Un saludo. Olivier 


De: "Manuel Spínola" <mspinola10 en gmail.com> 
Para: "Olivier Nuñez" <onunez en unex.es> 
CC: "R" <r-help-es en r-project.org> 
Enviados: Martes, 1 de Noviembre 2016 13:53:01 
Asunto: Re: [R-es] Modelo mixto en R 

Hola Olivier, 
Adjunto los datos. 

Manuel 

El 31 de octubre de 2016, 3:29, Olivier Nuñez < onunez en unex.es > escribió: 


Manuel, 

no estoy seguro de entender el diseño. 
Cada parcela recibe los 4 tratamientos (un tratamiento por subparcela de una misma parcela)? 
Las "ocasiones" (supongo que instantes) son los mismos para cada parcela*tratamiento? 
Si mandas un ejemplo de base de datos igual ayudaría a entender el diseño.... 
Un saludo. Olivier 


----- Mensaje original ----- 
De: "Manuel Spínola" < mspinola10 en gmail.com > 
Para: "R" < r-help-es en r-project.org > 
Enviados: Sábado, 29 de Octubre 2016 14:56:02 
Asunto: [R-es] Modelo mixto en R 

Hola quisiera saber como parameterizar el siguiente diseño con lme4. 

Tengo 4 tratamientos, con 4 parcelas cada uno, divididas a su vez en 4 
subparcelas, y se han tomado 5 medidas repetidas (5 ocasiones) y se quiere 
ver el cambio en la variable respuesta producido por los tratamientos a 
través de las 5 ocasiones. 

Mi intento con lmer es el siguiente: 

mod <- lmer(variable respuesta ~ ocasión * tratamiento + (ocasión | 
parcela/subparcela) 

Es correcta esta forma de parameterización del diseño planteado? 

Saludos, 

Manuel Spínola 



-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.* 
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre 
Universidad Nacional 
Apartado 1350-3000 
Heredia 
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mspinola en una.cr < mspinola en una.ac.cr > 
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