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[R-es] Pedigreemm

12 messages · Felipe Vargas Reeve, Javier Marcuzzi

Original
Javier Marcuzzi
# 
Estimado Felipe Vargas Reeve

No alcanzo a comprender su problema, usted tiene el pedigree el cuál
utiliza dentro de pedigreemm, que en realidad a partir del pedigree
realiza la relación entre parientes y utiliza lme4.

Si todo es correcto, al realizar ranef() tendría que tener los valores
para todos los individuos, posiblemente usted tenga una confusión por la
ordenación de individuos según el algoritmo para calcular la los
parentezcos, por ejemplo, que su animal 1 no es el 1 en el análisis,
pero tampoco estoy seguro sobre esta posible confusión.

Si envía el código posiblemente pueda leerlo y ayudarlo algo más.

Javier Marcuzzi
On lun, 2013-03-11 at 14:11 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
Javier Marcuzzi
# 
Estimado Felipe

En:
 (1|TREE_ID)+(1|FAMILIA), data=datos, pedigree=list(TREE_ID=PED2)

Revisa si en PED2 tienes correctamente con TREE_ID, porque al ver:
str(PED2)
Formal class 'pedigree' [package "pedigreemm"] with 3 slots
  ..@ sire : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
  ..@ dam  : int [1:3954] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
  ..@ label: chr [1:3954] "C07" "C13" "C16" "C20" ...

Tengo dudas respecto a la correcta ejectución entre TREE_ID y label. 

Aunque lo que usted menciona parece correcto.

Tenemos una ventaja, la autora habla español, ella podría ayudarlo mucho
más que yo.

Javier Marcuzzi
On lun, 2013-03-11 at 15:53 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
Javier Marcuzzi
# 
Estimado Felipe

Si me lo permite puede realizar una prueba, invente un pedigree con
cuantro o cinco individuos, algunos datos para el modelo, y corra
pedigreemm, el resultado no tiene valor alguno como para prestarle
atención, pero al ser muy pocos puede visualizar si aparecen los
resultados en las pruebas, es algo que yo realizaba para aprender.

En este momento busque mis pruebas de pedigreemm, pero las tengo en otro
sistema y tendría que acomodarlas como para enviarlas.

Javier
On lun, 2013-03-11 at 22:06 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
Javier Marcuzzi
# 
Estimado Felipe

Si pero no, yo en una oportunidad pase por eso, los resultados son nada
que ver por una cuestion de escalas, técnicamente hay diferencias al ser
muy pocos datos (aunque es muy buen libro). Entiendo que al aumentar los
números el algoritmo funciona mejor (o como los ejemplos del libro).

Pero si para copiar o crear un pedigree como los de ese libro, no se
preocupe por los números, van a dar cualqier cosa, si lo desea puede
utilizar algo como:

fenotipo <- c(10,20,30,20,10,23 ..)
efecto <-c(3,4,5,4,3 ....)
individuo <- c(1,2,3,4..)

El pedigree y, primero correr lme4 por las dudas si hay problemas de
convergencia, luego pedigreem y cuándo mira los resultados con
ranef()busca si aparecen los individuos que están en el pedigree pero
que no tienen mediciones de fenotipo, sin embargo su valor es estimado.
Es solo para probar que no hay problemas de software o algo que se paso
por alto.

Javier
On lun, 2013-03-11 at 22:31 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
Javier Marcuzzi
# 
Estimado Felipe Vargas

Si quieres probar distintas formas de pedigree, con pedigreemm, estos
datos son pocos pero válidos como para intentar "jugar" y ver que pasa
al extraer los valores genéticos.

require(stats); require(graphics)
boxplot(weight ~ feed, data = chickwts, col = "lightgray",
    varwidth = TRUE, notch = TRUE, main = "chickwt data",
    ylab = "Weight at six weeks (gm)")
anova(fm1 <- lm(weight ~ feed, data = chickwts))

Javier Marcuzzi
On lun, 2013-03-11 at 22:31 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote:
Javier Marcuzzi
# 
Entiendo, 

Si es de esa forma, con ¿como clones? (no se de genética vegetal), pero
en una oportunidad charlando con una persona me comento el número de
arboles que tenía en su base de datos, usa R pero en con una parte
comercial.

Desconozco si pedigreemm es adecuado para su trabajo, de pronto él puede
comentarle algo, porque justamente se trato el número y identificaciónes
referido a perientes.

Su blog es es siguiente: http://apiolaza.net/asreml-r/
On mar, 2013-03-12 at 14:10 -0300, Felipe Vargas Reeve wrote: