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[R-es] Error de markdownToHTML al parsear LATEX

7 messages · Jorge Ayuso Rejas, Elvira Ferre Jaén, Daniel +3 more

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Hola.

Intento crear un archivo .html a partir de un .Rmd que tenga Toc, LaTeX y tablas.
Empleo  RStudio (v. 0.97.551), pero aparece un error en la función "markdownToHTML"


Pasos:
1) creo un fichero Rmd (adjunto ejemplo) => con knitr (v. 1.0.5) crea un fichero ".md"
2) Si quiero añadirle el TOC (table of contents) necesito emplear la función "markdownToHTML" del paquete "markdown" (v.0.5.4)
y quiero GUARDAR el output en un file, para no generar ese archivo en el directorio de trabajo.
3) Paso el char de 1 fila a un vector de caracteres donde cada elemento es una línea del html

	> library(markdown)
	> markdownHTMLOptions(defaults=T)
	> file<-markdownToHTML(file ="ejemplo.md",options =c('toc','use_xhtml','mathjax','highlight_code'), stylesheet="markdown.css")
	> fileLineas<-strsplit(file,split="\n",fixed=TRUE)                                   # pasamos de un char de 1 fila con todo a una lista con cada fila
	> lineas<-unlist(fileLineas)
	

Ahora el error aparece cuando en la formula de LATEX aparecen símbolos '^' y '_' esta función al crear el html los escribe como <sup> y <em> respectivamente.

Estos símbolos no puedo simplemente reemplazarlos pues markdown los utiliza para indicar negrita y cursiva, por lo que se interpretan mal!.
¿Qué puedo hacer?


Ejemplo de lo que ocurre:
Fórmula escrita en el .md (Rstudio)
      " $x_{1},x^{2},\ldots x_{n}:\overline {x}=\dfrac {\sum _{i}x_{i}} {n}$"

Línea del file generado por la función 'markdownToHTML':
   > lineas[218]
	[1] "<p>$$x<em>{1},x<sup>{2},\\ldots</sup> x</em>{n}:\\overline {x}=\\dfrac {\\sum <em>{i}x</em>{i}} {n}$$</p>"
		

      

Muchas gracias,
Elvira.
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Copiando tus códigos llego a esto (adjunto)

En mi caso veo bien las fórmulas excepto en el índice.

Estas son mis versiones de los paquetes:

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.1252  LC_CTYPE=Spanish_Spain.1252
[3] LC_MONETARY=Spanish_Spain.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Spanish_Spain.1252

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] knitr_1.5      markdown_0.6.3

loaded via a namespace (and not attached):
[1] evaluate_0.5.1 formatR_0.9    stringr_0.6.2  tools_3.0.2

Saludos!



El 21 de octubre de 2013 13:55, Elvira Ferre Jaén
<mariaelvira.ferre en um.es>escribió:

  
    
1 day later
#
Hola Elvira.

.. y ese comando te ha funcionado????
:-)


Un Saludo,
Miguel.



-----Mensaje original-----
De: r-help-es-bounces en r-project.org [mailto:r-help-es-bounces en r-project.org] En nombre de Elvira Ferre Jaén
Enviado el: martes, 22 de octubre de 2013 17:58
Para: Jorge Ayuso Rejas
CC: R-help-es
Asunto: Re: [R-es] Error de markdownToHTML al parsear LATEX

Hola, primero de todo muchas gracias.
He probado a ejecutar el programa en una máquina virtual y efectivamente funciona.
La única diferencia con mi ordenador está en locale, que me aparece esto:

 > sessionInfor()
      locale:
      [1] LC_CTYPE=es_ES.UTF-8       LC_NUMERIC=C
      [3] LC_TIME=es_ES.UTF-8        LC_COLLATE=es_ES.UTF-8
      [5] LC_MONETARY=es_ES.UTF-8    LC_MESSAGES=es_ES.UTF-8
      [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C
      [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
     [11] LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C



________________________________

Nota: A información contida nesta mensaxe e os seus posibles documentos adxuntos é privada e confidencial e está dirixida únicamente ó seu destinatario/a. Se vostede non é o/a destinatario/a orixinal desta mensaxe, por favor elimínea. A distribución ou copia desta mensaxe non está autorizada.

Nota: La información contenida en este mensaje y sus posibles documentos adjuntos es privada y confidencial y está dirigida únicamente a su destinatario/a. Si usted no es el/la destinatario/a original de este mensaje, por favor elimínelo. La distribución o copia de este mensaje no está autorizada.

See more languages: http://www.sergas.es/aviso_confidencialidad.htm
#
No me ha funcionado, pero 
muchas gracias Daniel Merino.
Al final he solucionado mi problema generando el HTML desde una máquina vertual Windows, como hacía Jorge Ayuso.
Gracias a todos por la ayuda :)
Elvira.
#
Saludos:

El 23/10/13 16:20, Maria Elvira escribió:
Elvira, mal vamos si para hacer algo hay que cambiar a ese otro s.o.

Para reconfigurar los locales de tu sistema tienes que hacer como 
superusuario, o usando sudo, lo siguiente:

dpkg-reconfigure locales

Una vez ahí eliges los que quieres utilizar.

En cualquier caso siempre puedes utilizar el «viejo truco» de llamar a 
una aplicación con unos locales específicos:

---------- Corte desde la consola ---------------
razer en mac-lobo:~$ R
 

R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing" 

Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing 

Platform: powerpc-unknown-linux-gnu (32-bit)

R es un software libre y viene sin GARANTIA ALGUNA.
Usted puede redistribuirlo bajo ciertas circunstancias.
Escriba 'license()' o 'licence()' para detalles de distribucion.

R es un proyecto colaborativo con muchos contribuyentes.
Escriba 'contributors()' para obtener más información y
'citation()' para saber cómo citar R o paquetes de R en publicaciones.

Escriba 'demo()' para demostraciones, 'help()' para el sistema on-line 
de ayuda,
o 'help.start()' para abrir el sistema de ayuda HTML con su navegador.
Escriba 'q()' para salir de R.

 > sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: powerpc-unknown-linux-gnu (32-bit)

locale:
  [1] LC_CTYPE=es_ES.UTF-8       LC_NUMERIC=C
  [3] LC_TIME=es_ES.UTF-8        LC_COLLATE=es_ES.UTF-8
  [5] LC_MONETARY=es_ES.UTF-8    LC_MESSAGES=es_ES.UTF-8
  [7] LC_PAPER=es_ES.UTF-8       LC_NAME=C
  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
 > q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
razer en mac-lobo:~$ LC_ALL=C R

R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: powerpc-unknown-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

 > sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: powerpc-unknown-linux-gnu (32-bit)

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
 > q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
razer en mac-lobo:~$ LC_ALL=de_DE.utf8 R
/bin/bash: warning: setlocale: LC_ALL: cannot change locale (de_DE.utf8)

R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: powerpc-unknown-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

During startup - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_COLLATE failed, using "C"
3: Setting LC_TIME failed, using "C"
4: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
5: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
6: Setting LC_PAPER failed, using "C"
7: Setting LC_MEASUREMENT failed, using "C"
 > q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
------------ Fin del corte ---------------

Con el alemán falla ya que no lo tengo instalado, tendría que añadirlo 
con el dpkg-reconfigure.
Espero que esto te libre de arrancar esa máquina virtual en próximas 
ocasiones.

Salud y Revolución.

Lobo.