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[R-es] Procesos paralelos

7 messages · miguel.angel.rodriguez.muinos en sergas.es, Carlos J. Gil Bellosta, Javier Marcuzzi +1 more

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Hola:

Vuelvo a la carga con algo que resolví hace años y que ahora me ha dejado de funcionar y no consigo arreglar. A ver si alguien me sugiere algún enfoque o directamente la solucion.

Utilizo R en muchos procesos ETL y la cuestión es que me encuentro con que tengo que hacer inserts en un BBDD de SQL  Server  de varios miles (a veces millones de registros) que mientras R las realiza parece que no está haciendo nada.

La solución que conseguí hacer en su momento fue paralelizar el proceso de inserción en dos procesos distintos usando el paquete snowfall.
-Un proceso se encargaba de la propia inserción de los datos.
-El otro proceso mostraba una barra de progreso que se construía consultando la tabla (tab) donde se insertaban los registros (datos) para monitorizar su proceso.

La subida al servidor es esta función:

subida <- function( datos, tab)
                               {
                                               flush.console()
                                               canal2 <- odbcDriverConnect( "case=nochange; Driver=xxx; Server=xxx; Database=xxx; uid=xxx; pwd=xxx; wsid=xxx;")
                                               sqlSave(canal2,datos,tablename= tab, rownames = FALSE, append=TRUE, fast=TRUE )
                                               close(canal2)
                                               rm(canal2)
                               }

La barra de progreso se toma de esta función:
pb <-function( datos,tab){
                ##Creamos canal de conexion a BBDD
                canal1 <- odbcDriverConnect( "case=nochange; Driver=SQL Server; Server=xxx; Database=xxx; uid=xxx; pwd=xx; wsid=ESMADN1003;;")

                ##Obtenemos conteos de registros##################
                #Numero de registro que se van a cargar
                asubir <- as.numeric(nrow(datos))

                #Numero de registro que ya hay en la tabla
                entabla <- as.numeric(sqlQuery(canal1,paste("SELECT Count(*) ", " FROM ",tab, sep="")))

                #Numero de registros cargados en el momento n
                total <- as.numeric(0)

#Frecuenca de actualizacion de la barra
  frec <- 0.1

  ##Creamos barra de progreso
  barra <- winProgressBar(title="Subiendo datos a SQL ", label = "Subido el:  ", min= 0, max= 1,initial= 0, width = 800)

                ##Mientras los registros que quedan por subir sean inferiores a los que actualmente hay en la tabla se muestra la barra
                while ( entabla + asubir > total  )
                                 {
                                               #Reconectamos
                                               canal1 <- odbcReConnect(canal1)

                                               #Obtenemos registros actuales en la tabla (los que habia + los que han subido hasta el momento)
                                               total <- as.numeric(sqlQuery(canal1,paste("SELECT Count(*) FROM ",tab, sep="")))

                                               #Calculamos porcentaje de registros subidos en el momento
                                               porcen <- as.numeric((total - entabla) / asubir)

                                               #Actualizamos barra de progreso
                                               setWinProgressBar(barra, porcen,title="SUBIENDO DATOS A SQL", label =paste("Subido el:  ", round(porcen *100,0), "% de los datos. Quedan por subir ",(entabla + asubir)-total, " registros de ", asubir, "." , sep=""))

                                               #Actualizamos consola
                                               flush.console()
                                               Sys.sleep(frec)
                                 }
                close(barra)
}

Ahora estoy intentando usar el paquete parallel (en lugar de snowfall que ya no me funciona) haciendo esto.
library(parallel)
library(RODBC)

##Creo un cluster con dos nodos
cl <-makeCluster(2)

##Exporto datos y funciones a los dos cluster
clusterExport(cl,varlist=c("pb","subida","datos","tab"))

##En el primer cluster hago la inserción en el segundo la barra de progreso
clusterApply(cl,subida(datos,tab),pb(datos,tab) )


La inserción la realiza correctamente pero la barra de progreso no aparece por ningún lado :( y en el monitor de procesos aparecen dos Rscript.exe corriendo (uso Windows 7)

Si alguien quiere que le proporcione la función que construí usando snowfall (y que ahora tampoco muestra la barra) se la puedo enviar para destriparla.

Muchas gracias

Un saludo


José Luis Gilsanz Gómez
Estadística
Departamento Técnico Entidades Financieras
JLL Valoraciones S.A. (Jones Lang LaSalle España S.A.)
Paseo de la Castellana 130 - 1ª; 28046 Madrid
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Fax +34 91 541 42 64
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#
Hola José Luis.

Te da algún error? o simplemente no aparece la barra de progreso?

... y si, en vez de usar winProgressBar(), pruebas con la función tkProgressBar() del paquete tcltk ¿?

Un saludo,
Miguel.



El 12/04/2016 a las 11:04, Gilsanz, Jose Luis escribió:

Hola:

Vuelvo a la carga con algo que resolv? hace a?os y que ahora me ha dejado de funcionar y no consigo arreglar. A ver si alguien me sugiere alg?n enfoque o directamente la solucion.

Utilizo R en muchos procesos ETL y la cuesti?n es que me encuentro con que tengo que hacer inserts en un BBDD de SQL  Server  de varios miles (a veces millones de registros) que mientras R las realiza parece que no est? haciendo nada.

La soluci?n que consegu? hacer en su momento fue paralelizar el proceso de inserci?n en dos procesos distintos usando el paquete snowfall.
-Un proceso se encargaba de la propia inserci?n de los datos.
-El otro proceso mostraba una barra de progreso que se constru?a consultando la tabla (tab) donde se insertaban los registros (datos) para monitorizar su proceso.

La subida al servidor es esta funci?n:

subida <- function( datos, tab)
                               {
                                               flush.console()
                                               canal2 <- odbcDriverConnect( "case=nochange; Driver=xxx; Server=xxx; Database=xxx; uid=xxx; pwd=xxx; wsid=xxx;")
                                               sqlSave(canal2,datos,tablename= tab, rownames = FALSE, append=TRUE, fast=TRUE )
                                               close(canal2)
                                               rm(canal2)
                               }

La barra de progreso se toma de esta funci?n:
pb <-function( datos,tab){
                ##Creamos canal de conexion a BBDD
                canal1 <- odbcDriverConnect( "case=nochange; Driver=SQL Server; Server=xxx; Database=xxx; uid=xxx; pwd=xx; wsid=ESMADN1003;;")

                ##Obtenemos conteos de registros##################
                #Numero de registro que se van a cargar
                asubir <- as.numeric(nrow(datos))

                #Numero de registro que ya hay en la tabla
                entabla <- as.numeric(sqlQuery(canal1,paste("SELECT Count(*) ", " FROM ",tab, sep="")))

                #Numero de registros cargados en el momento n
                total <- as.numeric(0)

#Frecuenca de actualizacion de la barra
  frec <- 0.1

  ##Creamos barra de progreso
  barra <- winProgressBar(title="Subiendo datos a SQL ", label = "Subido el:  ", min= 0, max= 1,initial= 0, width = 800)

                ##Mientras los registros que quedan por subir sean inferiores a los que actualmente hay en la tabla se muestra la barra
                while ( entabla + asubir > total  )
                                 {
                                               #Reconectamos
                                               canal1 <- odbcReConnect(canal1)

                                               #Obtenemos registros actuales en la tabla (los que habia + los que han subido hasta el momento)
                                               total <- as.numeric(sqlQuery(canal1,paste("SELECT Count(*) FROM ",tab, sep="")))

                                               #Calculamos porcentaje de registros subidos en el momento
                                               porcen <- as.numeric((total - entabla) / asubir)

                                               #Actualizamos barra de progreso
                                               setWinProgressBar(barra, porcen,title="SUBIENDO DATOS A SQL", label =paste("Subido el:  ", round(porcen *100,0), "% de los datos. Quedan por subir ",(entabla + asubir)-total, " registros de ", asubir, "." , sep=""))

                                               #Actualizamos consola
                                               flush.console()
                                               Sys.sleep(frec)
                                 }
                close(barra)
}

Ahora estoy intentando usar el paquete parallel (en lugar de snowfall que ya no me funciona) haciendo esto.
library(parallel)
library(RODBC)

##Creo un cluster con dos nodos
cl <-makeCluster(2)

##Exporto datos y funciones a los dos cluster
clusterExport(cl,varlist=c("pb","subida","datos","tab"))

##En el primer cluster hago la inserci?n en el segundo la barra de progreso
clusterApply(cl,subida(datos,tab),pb(datos,tab) )


La inserci?n la realiza correctamente pero la barra de progreso no aparece por ning?n lado :( y en el monitor de procesos aparecen dos Rscript.exe corriendo (uso Windows 7)

Si alguien quiere que le proporcione la funci?n que constru? usando snowfall (y que ahora tampoco muestra la barra) se la puedo enviar para destriparla.

Muchas gracias

Un saludo


Jos? Luis Gilsanz G?mez
Estad?stica
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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


--
Miguel Ángel Rodríguez Muíños
Asesoramento en Informática
Dirección Xeral de Saúde Pública
Consellería de Sanidade
Xunta de Galicia
http://dxsp.sergas.es






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#
Hola, ¿qué tal?

Si la base de datos de destino es SQL Server, ¿por qué no pruebas con
la función dbBulkCopy del paquete
https://github.com/agstudy/rsqlserver? Debería poder cargar millones
de registros en segundos. Al menos, en una única transacción en lugar
de múltiples como con sqlSave.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

El día 12 de abril de 2016, 11:55,
<miguel.angel.rodriguez.muinos en sergas.es> escribió:
#
Miguel:



Mil gracias por tu sugerencia de usar la barra de progreso tcltk , me funciona perfectamente y además la barra de progreso es más bonita ?

Ahora me entra la curiosidad malsana de saber porque con la barra de windows no sale la barrra y con tcltk si que aparece.





Carlos:



No habia oido hablar de ese paquete pero en cuanto termine con los ETL que tengo pendientes voy a empollarme la web del paquete que me has enviado porque seguro que agiliza muchisimo todos estos procesos.





Muchas gracias a los dos por la variedad y calidad de las soluciones









José Luis Gilsanz Gómez

Estadística

Departamento Técnico Entidades Financieras

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Estimado Gilsanz

Algo que puede ser, ¿tiene instalado tcltk en Windows?

Yo ante un problema parecido lo solucioné realizando un contador, en mi caso conozco la cantidad de consultas, entonces simplemente ?imprimo? en pantalla 1 de 100, 2 de 100, etc.  No es gráfico, pero R me informa dos cosas, que está trabajando y cuánto falta, feo a la vista pero muy simple.

Javier Rubén Marcuzzi

De: Gilsanz, Jose Luis
Enviado: martes, 12 de abril de 2016 10:40
Para: Carlos J. Gil Bellosta ; Miguel Angel Rodriguez Muiños
CC: r-help-es
Asunto: Re: [R-es] Procesos paralelos

Miguel:



Mil gracias por tu sugerencia de usar la barra de progreso tcltk , me funciona perfectamente y además la barra de progreso es más bonita ?

Ahora me entra la curiosidad malsana de saber porque con la barra de windows no sale la barrra y con tcltk si que aparece.





Carlos:



No habia oido hablar de ese paquete pero en cuanto termine con los ETL que tengo pendientes voy a empollarme la web del paquete que me has enviado porque seguro que agiliza muchisimo todos estos procesos.





Muchas gracias a los dos por la variedad y calidad de las soluciones









José Luis Gilsanz Gómez

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#
Hola Javier,

Hasta donde yo sé no hay nada de Tcltk instalado en mi máquina, es más, he tenido que mirar en Wikipedia que era Tcltk porque suponía (de forma errónea) que era otro paquete más de R, y no un lenguaje de programación en sí mismo.

En mi caso los procesos ETL son muy diversos y alimentan un DW con estadísticas procedentes de muy diversas fuentes, como a priori no conozco el número de registros a insertar me es muy útil tener monitorizado todo el proceso para saber si R está trabajando o existe algún tipo de corte o problema en el proceso.




José Luis Gilsanz Gómez
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De: Javier Marcuzzi [mailto:javier.ruben.marcuzzi en gmail.com]
Enviado el: martes, 12 de abril de 2016 22:22
Para: Gilsanz, Jose Luis; Carlos J. Gil Bellosta ; Miguel Angel Rodriguez Muiños
CC: r-help-es
Asunto: RE: [R-es] Procesos paralelos

Estimado Gilsanz

Algo que puede ser, ¿tiene instalado tcltk en Windows?

Yo ante un problema parecido lo solucioné realizando un contador, en mi caso conozco la cantidad de consultas, entonces simplemente ?imprimo? en pantalla 1 de 100, 2 de 100, etc.  No es gráfico, pero R me informa dos cosas, que está trabajando y cuánto falta, feo a la vista pero muy simple.

Javier Rubén Marcuzzi

De: Gilsanz, Jose Luis<mailto:jluis.gilsanz en eu.jll.com>
Enviado: martes, 12 de abril de 2016 10:40
Para: Carlos J. Gil Bellosta <mailto:cgb en datanalytics.com> ; Miguel Angel Rodriguez Muiños<mailto:miguel.angel.rodriguez.muinos en sergas.es>
CC: r-help-es<mailto:r-help-es en r-project.org>
Asunto: Re: [R-es] Procesos paralelos

Miguel:



Mil gracias por tu sugerencia de usar la barra de progreso tcltk , me funciona perfectamente y además la barra de progreso es más bonita ?

Ahora me entra la curiosidad malsana de saber porque con la barra de windows no sale la barrra y con tcltk si que aparece.





Carlos:



No habia oido hablar de ese paquete pero en cuanto termine con los ETL que tengo pendientes voy a empollarme la web del paquete que me has enviado porque seguro que agiliza muchisimo todos estos procesos.





Muchas gracias a los dos por la variedad y calidad de las soluciones









José Luis Gilsanz Gómez

Estadística

Departamento Técnico Entidades Financieras

JLL Valoraciones S.A. (Jones Lang LaSalle España S.A.)

Paseo de la Castellana 130 - 1ª; 28046 Madrid

Tel: +34 91 454 96 94

Fax +34 91 541 42 64

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Estimado José Luis

Hay algunas librerías que lo instalan desde r (https://cran.r-project.org/web/packages/tcltk2/index.html). No estoy seguro pero creo que install.rcmdr lo instalaría.

Sobre el contador que yo uso, al inicio yo no se la cantidad, porque esto depende de una consulta, pero no es importante, porque como hay partes que van dentro de un bucle, entonces dentro de este hay otro contador y puedo escribir algo en pantalla solamente cada un aumento de 100 o 1000 en este ultimo, al finalizar el bucle paso a lo siguiente, conozco que ese proceso fa finalizó y R continúa trabajando.

Mi método es medio feo, tipo DOS antes del Windows, pero la información que puedo leer es a mi gusto, casi ilimitada.

Javier Rubén Marcuzzi

De: Gilsanz, Jose Luis
Enviado: miércoles, 13 de abril de 2016 5:13
Para: Javier Marcuzzi; Carlos J. Gil Bellosta ; Miguel Angel Rodriguez Muiños
CC: r-help-es
Asunto: RE: [R-es] Procesos paralelos

Hola Javier,

Hasta donde yo sé no hay nada de Tcltk instalado en mi máquina, es más, he tenido que mirar en Wikipedia que era Tcltk porque suponía (de forma errónea) que era otro paquete más de R, y no un lenguaje de programación en sí mismo.

En mi caso los procesos ETL son muy diversos y alimentan un DW con estadísticas procedentes de muy diversas fuentes, como a priori no conozco el número de registros a insertar me es muy útil tener monitorizado todo el proceso para saber si R está trabajando o existe algún tipo de corte o problema en el proceso.




José Luis Gilsanz Gómez
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Asunto: RE: [R-es] Procesos paralelos

Estimado Gilsanz

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Javier Rubén Marcuzzi

De: Gilsanz, Jose Luis
Enviado: martes, 12 de abril de 2016 10:40
Para: Carlos J. Gil Bellosta ; Miguel Angel Rodriguez Muiños
CC: r-help-es
Asunto: Re: [R-es] Procesos paralelos

Miguel:



Mil gracias por tu sugerencia de usar la barra de progreso tcltk , me funciona perfectamente y además la barra de progreso es más bonita ?

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Carlos:



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