[R-es] checkEquals falla y no se porqué

Hola,

Estoy tratando de comparar dos data frames que son iguales si tienen las
mismas filas, pero están desordenados tanto por filas como por columnas.
Además no tienen ninguna columna con valores únicos por lo que no puedo
ordenar en función de ninguna columna.  he visto no obstante que la
combinación de dos columnas si tiene valores únicos, por lo que para la
comparación hice esto:

Valores originales:

x

 geneid  array signal  flag
1      1 array1     10  true
2      1 array2     11 false
3      2 array1     12  true
4      2 array2     13 false
5      3 array1     14  true
6      3 array2     15 false

y

  flag geneid signal  array
1  true      3     14 array1
2  true      1     10 array1
3 false      2     13 array2
4  true      2     12 array1
5 false      3     15 array2
6 false      1     11 array2


Primero ordeno las columnas:

 x <- x[ , sort( colnames( x ) ) ]
 y <- y[ , sort( colnames( y ) ) ]

Luego ordeno la combinación de las columnas que forman valores únicos:

 kk <- cbind( y,   "orden" = paste( y[ , "geneid" ],  y[ , "array" ], sep =
"" ) )
 ordenado <- y[ order( kk$orden ) , ]

Los objetos ordenado y x son exactamente iguales pero al hacer esto:

 library( RUnit )
 checkEquals( ordenado, x )


Obtengo que son diferentes, ¿Alguien sabe porqué? Es lo que yo siempre
utilizo para ver si dos objetos grandes son o no iguales, pero en este caso
parece no funcionar...

Gracias, un saludo

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