[R-es] aplicar función de cuantilas a un dataframe

percen2 = function(x) {

percen2(example$recall)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),percen2)

Buenas tardes Manuel,

Muchas gracias por el ejemplo!

Lo que esta ocurriendo es que en una de las combinaciones EDUCATION - 
Age no
tienes observaciones, por lo que no es posible calcular los cuantiles 
de
recall en ese nivel. Por lo tanto obtienes:

# lo que quieres calcular
with(example, aggregate(recall, list(EDUCATION, Age), quantile))
# Error in aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
#  'FUN' must always return a scalar

De la siguiente manera puedes calcular el numero de observaciones por
combinacion que menciono anteriormente:

# numero de observaciones en cada combinacion
with(example, table(EDUCATION, Age))
#         Age
# EDUCATION 45 85
#     High  5  3
#     Low   1  0
#     LOW   4  4

Cual es la diferencia entre "Low" y "LOW"?   Mi sugerencia seria 
unificar el
nivel educativo a uno de los dos y luego ejecutar nuevamente el analisis.

Espero sea de utilidad,

                             Jorge Ivan Velez


2010/3/16 <>

Hola R-adictos,

me gustaría que alguien me ayudara a aplicar la función "quantile" (varios
percentiles) a un marco de datos estratificado por algunas variables
categóricas (ver fichero adjunto como ejemplo). La idea es obtener varios
percentiles de varias variables (primeras columnas del fichero de datos),
pero dividiendo el marco de datos en función de los valores de las variables
categóricas (educación y edad, las dos últimas columnas del fichero 

de

datos).

Lo he intentado con aggregate y este es el resultado:

example= read.table("example.txt",header=T)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), mean)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), quantile)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), quantile)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar

Tambien he intentado crear una función para aplicarla, pero este ha 

sido el

resultado:

percen = function(x) {
quantile(x,probs = c(.05,.10,.20,.5,.6,.8,.95))
}
percen(example$recall)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), percen)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), percen)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar


Alguna sugerencia? Gracias anticipadas

Manuel

Hola Manuel.

Puedes usar la función 'by' en lugar de 'aggregate'. Si necesitas que 
el
output sea un data.frame siempre puedes transformar el objeto de clase 
'by'.
Por ejemplo, con esta función:

m.aggregate <-
function(data, INDICES, FUN, ...){
  mby <- by(data, INDICES, FUN, ...) #unas lista de dimensiones 'ni' x 
'nj'
x ... x 'k'
  if(all(sapply(mby, length) < 2))
    stop("Use 'aggregate' for scalar FUN\n")
  x <- expand.grid(dimnames(mby), KEEP.OUT.ATTRS = FALSE)
  x <- x[!sapply(mby, is.null), ]
  y <- do.call("rbind", mby)
  x <- cbind(x, y)
  as.data.frame(x)
}

Los argumentos son los mismos que los de 'by'.

En general, para este tipo de tareas también conviente tener presente 
el
paquete 'plyr'.

Un saludo.

Javier.



El 17 de marzo de 2010 08:50, <morales en us.es> escribió:

Hola, perdón por el error en el fichero que os dejé. Ya lo he 

arreglado y

os lo adjunto de nuevo con el valor  "LOW" corregido.  Sigo teniendo 

el

problema de obtener varias cuantilas para cada variable 

estratificada. Solo

puedo conseguir una cuantila de la siguiente forma:

percen2 = function(x) {

+ quantile(x,probs = c(.10))
+ }

percen2(example$recall)

10%
 18

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),percen2)

 Group.1 Group.2    x
1    High      45 23.0
2     LOW      45 16.5
3    High      85 27.2
4     LOW      85 18.0

Sin embargo, me gustaría conseguir juntos varios valores de cuantilas.
Alguna sugerencia?

Saludos,

M. Morales







----- Mensaje original -----
De: Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
Fecha: Martes, Marzo 16, 2010 11:28 pm
Asunto:  Re: [R-es] aplicar función de cuantilas a un dataframe
A: morales en us.es
CC: r-help-es en r-project.org

Buenas tardes Manuel,

Muchas gracias por el ejemplo!

Lo que esta ocurriendo es que en una de las combinaciones 

EDUCATION -

Age no
tienes observaciones, por lo que no es posible calcular los cuantiles
de
recall en ese nivel. Por lo tanto obtienes:

# lo que quieres calcular
with(example, aggregate(recall, list(EDUCATION, Age), quantile))
# Error in aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
#  'FUN' must always return a scalar

De la siguiente manera puedes calcular el numero de observaciones 

por

combinacion que menciono anteriormente:

# numero de observaciones en cada combinacion
with(example, table(EDUCATION, Age))
#         Age
# EDUCATION 45 85
#     High  5  3
#     Low   1  0
#     LOW   4  4

Cual es la diferencia entre "Low" y "LOW"?   Mi sugerencia seria
unificar el
nivel educativo a uno de los dos y luego ejecutar nuevamente el analisis.

Espero sea de utilidad,

                             Jorge Ivan Velez


2010/3/16 <>

Hola R-adictos,

me gustaría que alguien me ayudara a aplicar la función "quantile"

(varios

percentiles) a un marco de datos estratificado por algunas variables
categóricas (ver fichero adjunto como ejemplo). La idea es obtener

varios

percentiles de varias variables (primeras columnas del fichero de

datos),

pero dividiendo el marco de datos en función de los valores de las

variables

categóricas (educación y edad, las dos últimas columnas del fichero

de

datos).

Lo he intentado con aggregate y este es el resultado:

example= read.table("example.txt",header=T)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), mean)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

quantile)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

quantile)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar

Tambien he intentado crear una función para aplicarla, pero este 

ha

sido el

resultado:

percen = function(x) {
quantile(x,probs = c(.05,.10,.20,.5,.6,.8,.95))
}
percen(example$recall)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), percen)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

percen)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar


Alguna sugerencia? Gracias anticipadas

Manuel

Buenos dias Manuel,

Podrias utilizar lo siguiente:

# funcion percentiles
percen <- function(x) quantile(x, probs = c(.05,.10,.20,.5,.6,.8,.95))

as.data.frame(with(example, tapply(recall, list(EDUCATION, Age), percen)))
#                                                            45
                          85
# High 23.0, 23.0, 23.0, 23.0, 24.6, 27.0, 27.0 23.3, 24.6, 27.2, 35.0,
36.2, 38.6, 40.4
# LOW  13.8, 15.6, 19.2, 21.0, 27.4, 37.0, 37.0 18.0, 18.0, 18.0, 19.5,
20.4, 21.8, 22.7

Saludos,
      Jorge Ivan Velez


2010/3/17 <>

Hola, perdón por el error en el fichero que os dejé. Ya lo he 

arreglado y

os lo adjunto de nuevo con el valor  "LOW" corregido.  Sigo teniendo 

el

problema de obtener varias cuantilas para cada variable 

estratificada. Solo

puedo conseguir una cuantila de la siguiente forma:

percen2 = function(x) {

+ quantile(x,probs = c(.10))
+ }

percen2(example$recall)

10%
 18

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),percen2)

 Group.1 Group.2    x
1    High      45 23.0
2     LOW      45 16.5
3    High      85 27.2
4     LOW      85 18.0

Sin embargo, me gustaría conseguir juntos varios valores de cuantilas.
Alguna sugerencia?

Saludos,

M. Morales







----- Mensaje original -----
De: Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
Fecha: Martes, Marzo 16, 2010 11:28 pm
Asunto:  Re: [R-es] aplicar función de cuantilas a un dataframe
A: morales en us.es
CC: r-help-es en r-project.org

Buenas tardes Manuel,

Muchas gracias por el ejemplo!

Lo que esta ocurriendo es que en una de las combinaciones 

EDUCATION -

Age no
tienes observaciones, por lo que no es posible calcular los cuantiles
de
recall en ese nivel. Por lo tanto obtienes:

# lo que quieres calcular
with(example, aggregate(recall, list(EDUCATION, Age), quantile))
# Error in aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
#  'FUN' must always return a scalar

De la siguiente manera puedes calcular el numero de observaciones 

por

combinacion que menciono anteriormente:

# numero de observaciones en cada combinacion
with(example, table(EDUCATION, Age))
#         Age
# EDUCATION 45 85
#     High  5  3
#     Low   1  0
#     LOW   4  4

Cual es la diferencia entre "Low" y "LOW"?   Mi sugerencia seria
unificar el
nivel educativo a uno de los dos y luego ejecutar nuevamente el analisis.

Espero sea de utilidad,

                             Jorge Ivan Velez


2010/3/16 <>

Hola R-adictos,

me gustaría que alguien me ayudara a aplicar la función "quantile"

(varios

percentiles) a un marco de datos estratificado por algunas variables
categóricas (ver fichero adjunto como ejemplo). La idea es obtener

varios

percentiles de varias variables (primeras columnas del fichero de

datos),

pero dividiendo el marco de datos en función de los valores de las

variables

categóricas (educación y edad, las dos últimas columnas del fichero

de

datos).

Lo he intentado con aggregate y este es el resultado:

example= read.table("example.txt",header=T)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), mean)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

quantile)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

quantile)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar

Tambien he intentado crear una función para aplicarla, pero este 

ha

sido el

resultado:

percen = function(x) {
quantile(x,probs = c(.05,.10,.20,.5,.6,.8,.95))
}
percen(example$recall)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), percen)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

percen)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar


Alguna sugerencia? Gracias anticipadas

Manuel

Muchas gracias Jorge. Tanto tu procedimiento como el de Javier me valen.

Saludos cordiales,

M. Morales


----- Mensaje original -----
De: Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
Fecha: Miércoles, Marzo 17, 2010 3:53 pm
Asunto:  Re: Re: [R-es] aplicar función de cuantilas a un dataframe
A: morales en us.es
CC: r-help-es en r-project.org

Buenos dias Manuel,

Podrias utilizar lo siguiente:

# funcion percentiles
percen <- function(x) quantile(x, probs = c(.05,.10,.20,.5,.6,.8,.95))

as.data.frame(with(example, tapply(recall, list(EDUCATION, Age), percen)))
#                                                            45
                          85
# High 23.0, 23.0, 23.0, 23.0, 24.6, 27.0, 27.0 23.3, 24.6, 27.2, 35.0,
36.2, 38.6, 40.4
# LOW  13.8, 15.6, 19.2, 21.0, 27.4, 37.0, 37.0 18.0, 18.0, 18.0, 19.5,
20.4, 21.8, 22.7

Saludos,
      Jorge Ivan Velez


2010/3/17 <>

Hola, perdón por el error en el fichero que os dejé. Ya lo he

arreglado y

os lo adjunto de nuevo con el valor  "LOW" corregido.  Sigo teniendo

el

problema de obtener varias cuantilas para cada variable

estratificada. Solo

puedo conseguir una cuantila de la siguiente forma:

percen2 = function(x) {

+ quantile(x,probs = c(.10))
+ }

percen2(example$recall)

10%
 18

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),percen2)

 Group.1 Group.2    x
1    High      45 23.0
2     LOW      45 16.5
3    High      85 27.2
4     LOW      85 18.0

Sin embargo, me gustaría conseguir juntos varios valores de cuantilas.
Alguna sugerencia?

Saludos,

M. Morales







----- Mensaje original -----
De: Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
Fecha: Martes, Marzo 16, 2010 11:28 pm
Asunto:  Re: [R-es] aplicar función de cuantilas a un dataframe
A: morales en us.es
CC: r-help-es en r-project.org

Buenas tardes Manuel,

Muchas gracias por el ejemplo!

Lo que esta ocurriendo es que en una de las combinaciones

EDUCATION -

Age no
tienes observaciones, por lo que no es posible calcular los cuantiles
de
recall en ese nivel. Por lo tanto obtienes:

# lo que quieres calcular
with(example, aggregate(recall, list(EDUCATION, Age), quantile))
# Error in aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
#  'FUN' must always return a scalar

De la siguiente manera puedes calcular el numero de observaciones

por

combinacion que menciono anteriormente:

# numero de observaciones en cada combinacion
with(example, table(EDUCATION, Age))
#         Age
# EDUCATION 45 85
#     High  5  3
#     Low   1  0
#     LOW   4  4

Cual es la diferencia entre "Low" y "LOW"?   Mi sugerencia seria
unificar el
nivel educativo a uno de los dos y luego ejecutar nuevamente el analisis.

Espero sea de utilidad,

                             Jorge Ivan Velez


2010/3/16 <>

Hola R-adictos,

me gustaría que alguien me ayudara a aplicar la función "quantile"

(varios

percentiles) a un marco de datos estratificado por algunas variables
categóricas (ver fichero adjunto como ejemplo). La idea es obtener

varios

percentiles de varias variables (primeras columnas del fichero de

datos),

pero dividiendo el marco de datos en función de los valores de las

variables

categóricas (educación y edad, las dos últimas columnas del fichero

de

datos).

Lo he intentado con aggregate y este es el resultado:

example= read.table("example.txt",header=T)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), mean)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

quantile)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

quantile)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar

Tambien he intentado crear una función para aplicarla, pero este

ha

sido el

resultado:

percen = function(x) {
quantile(x,probs = c(.05,.10,.20,.5,.6,.8,.95))
}
percen(example$recall)
aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age), percen)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

percen)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar


Alguna sugerencia? Gracias anticipadas

Manuel

Hola, ¿qué tal?

Respondo tarde y para darle gran lanzada alternativa al moro muerto:

library( doBy )
summaryBy( recall ~ EDUCATION + Age, data = example, FUN = function( x
) quantile( x, c( 0.25, 0.75 )) )

Siempre he buscado algún tipo de solución en R lo más próxima posible
al habitual

select x1, x2, f( y1, y2) as colb1, g(y2 + y3, y4) as colb2, ...
from mi.tabla
group by x1, x2

de SQL que permita:

1) Realizar las llamadas a los parámetros y1,... (columnas de la tabla
original) de una manera simple (sin "decoraciones", etc.).
2) Poder utilizar una función distinta/arbitraria por columna.

Hummmm... ¿alguna idea?

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta


El día 17 de marzo de 2010 17:49,  <morales en us.es> escribió:

Muchas gracias Jorge. Tanto tu procedimiento como el de Javier me valen.

Saludos cordiales,

M. Morales


----- Mensaje original -----
De: Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
Fecha: Miércoles, Marzo 17, 2010 3:53 pm
Asunto:  Re: Re: [R-es] aplicar función de cuantilas a un dataframe
A: morales en us.es
CC: r-help-es en r-project.org

Buenos dias Manuel,

Podrias utilizar lo siguiente:

# funcion percentiles
percen <- function(x) quantile(x, probs = c(.05,.10,.20,.5,.6,.8,.95))

as.data.frame(with(example, tapply(recall, list(EDUCATION, Age), percen)))
#                                                            45
                          85
# High 23.0, 23.0, 23.0, 23.0, 24.6, 27.0, 27.0 23.3, 24.6, 27.2, 35.0,
36.2, 38.6, 40.4
# LOW  13.8, 15.6, 19.2, 21.0, 27.4, 37.0, 37.0 18.0, 18.0, 18.0, 19.5,
20.4, 21.8, 22.7

Saludos,
      Jorge Ivan Velez


2010/3/17 <>

Hola, perdón por el error en el fichero que os dejé. Ya lo he

arreglado y

os lo adjunto de nuevo con el valor  "LOW" corregido.  Sigo teniendo

el

problema de obtener varias cuantilas para cada variable

estratificada. Solo

puedo conseguir una cuantila de la siguiente forma:

percen2 = function(x) {

+ quantile(x,probs = c(.10))
+ }

percen2(example$recall)

10%
 18

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),percen2)

 Group.1 Group.2    x
1    High      45 23.0
2     LOW      45 16.5
3    High      85 27.2
4     LOW      85 18.0

Sin embargo, me gustaría conseguir juntos varios valores de cuantilas.
Alguna sugerencia?

Saludos,

M. Morales







----- Mensaje original -----
De: Jorge Ivan Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>
Fecha: Martes, Marzo 16, 2010 11:28 pm
Asunto:  Re: [R-es] aplicar función de cuantilas a un dataframe
A: morales en us.es
CC: r-help-es en r-project.org

Buenas tardes Manuel,

Muchas gracias por el ejemplo!

Lo que esta ocurriendo es que en una de las combinaciones

EDUCATION -

Age no
tienes observaciones, por lo que no es posible calcular los cuantiles
de
recall en ese nivel. Por lo tanto obtienes:

# lo que quieres calcular
with(example, aggregate(recall, list(EDUCATION, Age), quantile))
# Error in aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
#  'FUN' must always return a scalar

De la siguiente manera puedes calcular el numero de observaciones

por

combinacion que menciono anteriormente:

# numero de observaciones en cada combinacion
with(example, table(EDUCATION, Age))
#         Age
# EDUCATION 45 85
#     High  5  3
#     Low   1  0
#     LOW   4  4

Cual es la diferencia entre "Low" y "LOW"?   Mi sugerencia seria
unificar el
nivel educativo a uno de los dos y luego ejecutar nuevamente el 

analisis.

Espero sea de utilidad,

                             Jorge Ivan Velez


2010/3/16 <>

Hola R-adictos,

me gustaría que alguien me ayudara a aplicar la función "quantile"

(varios

percentiles) a un marco de datos estratificado por algunas variables
categóricas (ver fichero adjunto como ejemplo). La idea es obtener

varios

percentiles de varias variables (primeras columnas del 

fichero de

datos),

pero dividiendo el marco de datos en función de los valores 

de las

variables

categóricas (educación y edad, las dos últimas columnas del fichero

de

datos).

Lo he intentado con aggregate y este es el resultado:

example= read.table("example.txt",header=T)
aggregate(example$recall, 

list(example$EDUCATION,example$Age), mean)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

quantile)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

quantile)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar

Tambien he intentado crear una función para aplicarla, pero este

ha

sido el

resultado:

percen = function(x) {
quantile(x,probs = c(.05,.10,.20,.5,.6,.8,.95))
}
percen(example$recall)
aggregate(example$recall, 

list(example$EDUCATION,example$Age), percen)

aggregate(example$recall, list(example$EDUCATION,example$Age),

percen)

Error en aggregate.data.frame(as.data.frame(x), ...) :
 'FUN' must always return a scalar


Alguna sugerencia? Gracias anticipadas

Manuel