mapply to lapply
Hi Alex, sorry, I wasn't aware that sum does not work with listst. replace "lapply" with "sapply" or place the call in "unlist". Your second example does not work as you have to provide the additional arguments to the inner function in lapply: lapply(1:nrow(cells), function(rowInd, i, j), [your function goes here], i=i, j=j) Viele Gr??e, Andreas Alaios schrieb:
Dear Andreas,
I would like to thank you for your reply.
I have tried two alternatives but none of the two worked out:
F2[i+1,j+1]<-sum(lapply(1:nrow(cells), function(rowInd) Fwithcellvalue(i=i,j=j,a=cells[rowInd,2],b=cells[rowInd,4],c=cells[rowInd,1],d=cells[rowInd,3],e=cells[rowInd,5])))
this one is executed : takes like 2 mins to return(which is normal) but returns the following
^@Error in sum(lapply(1:nrow(cells), function(rowInd) Fwithcellvalue(i = i, :
invalid 'type' (list) of argument
afterwards I tried to change the function definition so to pass i,j inside:
This one does not execute at all
F2[i+1,j+1]<-sum(lapply(1:nrow(cells), function(rowInd,i,j) Fwithcellvalue(i=i,j=j,a=cells[rowInd,2],b=cells[rowInd,4],c=cells[rowInd,1],d=cells[rowInd,3],e=cells[rowInd,5])))
Error in paste("f", i, j, "(a,b,c,d)", sep = "") :
argument "i" is missing, with no default
What do you think I should try out now?
Vielen Dank
Alex
--- On Mon, 4/18/11, Andreas Borg <andreas.borg at unimedizin-mainz.de> wrote:
From: Andreas Borg <andreas.borg at unimedizin-mainz.de>
Subject: Re: [R] mapply to lapply
To: "Alaios" <alaios at yahoo.com>
Cc: R-help at r-project.org
Date: Monday, April 18, 2011, 11:10 AM
My solution would be to use an index
variable that goes from 1 to the number of rows that are to
be processed, along with a helper function which calls
Fwithcellvalue with the suitable arguments:
F2[i+1,j+1]<-sum(lapply(1:nrow(cells), function(rowInd)
Fwithcellvalue(i=i,j=j,a=cells[rowInd,2],b=cells[rowInd,4],c=cells[rowInd,1],d=cells[rowInd,3],e=cells[rowInd,5]))
Best regards,
Andreas
Alaios schrieb:
Dear all,
I would like to ask your help concerning converting a
mapply function to lapply. The reason is that I would like
to use mclapply which requires lapply syntax.
The command I would like to convert is:
F2[i+1,j+1]<-sum(mapply(Fwithcellvalue,i=i,j=j,a=cells[,2],b=cells[,4],c=cells[,1],d=cells[,3],e=cells[,5]))
Could you please help me understand how I should
change it?
Best Regards Alex
______________________________________________
R-help at r-project.org
mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained,
reproducible code.
-- Andreas Borg
Medizinische Informatik
UNIVERSIT?TSMEDIZIN
der Johannes Gutenberg-Universit?t
Institut f?r Medizinische Biometrie, Epidemiologie und
Informatik
Obere Zahlbacher Stra?e 69, 55131 Mainz
www.imbei.uni-mainz.de
Telefon +49 (0) 6131 175062
E-Mail: borg at imbei.uni-mainz.de
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Andreas Borg Medizinische Informatik UNIVERSIT?TSMEDIZIN der Johannes Gutenberg-Universit?t Institut f?r Medizinische Biometrie, Epidemiologie und Informatik Obere Zahlbacher Stra?e 69, 55131 Mainz www.imbei.uni-mainz.de Telefon +49 (0) 6131 175062 E-Mail: borg at imbei.uni-mainz.de Diese E-Mail enth?lt vertrauliche und/oder rechtlich gesch?tzte Informationen. Wenn Sie nicht der richtige Adressat sind oder diese E-Mail irrt?mlich erhalten haben, informieren Sie bitte sofort den Absender und l?schen Sie diese Mail. Das unerlaubte Kopieren sowie die unbefugte Weitergabe dieser Mail und der darin enthaltenen Informationen ist nicht gestattet.