union data in column

Fahim Md wrote:

Is there any function/way to merge/unite the following data

?GENEID ? ? ?col1 ? ? ? ? ?col2 ? ? ? ? ? ? col3 ? ? ? ? ? ? ? ?col4
?G234064 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234064 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234064 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234064 ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234065 ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234065 ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234065 ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234065 ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234065 ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
?G234065 ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1


into
GENEID ? ? ?col1 ? ? ? ? ?col2 ? ? ? ? ? ? col3 ? ? ? ? ? ? ? ?col4
?G234064 ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0
// 1 appears in col1 and col2 above, rest are zero
?G234065 ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1
// 1 appears in col2 , 3 and 4 above.


Thank

Warning on terminology: there is a "merge" function in R that lines up rows
from different tables to make a new set of longer rows (more columns). The
usual term for combining column values from multiple rows is "aggregation".

In addition to the example offered by Jim Holtzman, here are some other
options in no particular order:

x <- read.table(textConnection(" GENEID col1 col2 col3 col4
G234064 1 0 0 0
G234064 1 0 0 0
G234064 1 0 0 0
G234064 0 1 0 0
G234065 0 1 0 0
G234065 0 1 0 0
G234065 0 1 0 0
G234065 0 0 1 0
G234065 0 0 1 0
G234065 0 0 0 1
"), header=TRUE, as.is=TRUE, row.names=NULL)
closeAllConnections()

# syntactic repackaging of Jim's basic approach
library(plyr)
ddply( x, .(GENEID), function(df)
{with(as.integer(c(col1=any(col1),col2=any(col2),col3=any(col3),col4=any(col4))))}
)