How to plot Contour with NA in dataframe

3 messages · WeiQiang.Li@seagate.com, Duncan Murdoch, Earl F. Glynn

Wed, Apr 13, 2005 3:18 AM #

An embedded and charset-unspecified text was scrubbed...
Name: not available
Url: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/attachments/20050413/fdcbb18a/attachment.pl

Duncan Murdoch

Wed, Apr 13, 2005 4:11 AM #

WeiQiang.Li at seagate.com wrote:

Dear friends,

        I am trying to produce Contour Plot with R, but there are some NA 
in my data matrix. After I ran the following R script, I got the error 
message:"no proper `z' matrix specified". Does anybody know how to plot 
contour chart with R for the non-strict matrix?

        Thank you in advance!!!



myData<-read.table('C:/MyDoc/TestData.txt',sep=',')
x <- 10*1:nrow(myData)
y <- 10*1:ncol(myData)
filled.contour(x, y, myData, color = terrain.colors,
    plot.title = title(main = "The Topography of Maunga Whau",
    xlab = "Meters North", ylab = "Meters West"),
    plot.axes = { axis(1, seq(100, 800, by = 100))
                  axis(2, seq(100, 600, by = 100)) },
    key.title = title(main="Height\n(meters)"),
    key.axes = axis(4, seq(4, 8, by = 1)))



C:/myDoc/TestData.txt  is shown as below:

4.95,,5.6250,5.66666666666666666667,5.90,5.80,5.50,5.70,5.0250,5.90,5.7250,5.75,5.70,5.30,,6,5.50,5.65,,5.7750,5.70,4.90,6.05,,5.4750,5.85,5.55,,,5.8250,5.65,5.75,,5.5750,5.4750,5.3750,5.8750,5.9250,5.55,6.3750,5.70,5.78333333333333333333,,5.55,,,,,
,5.5250,4.85,,,,6.15,5.86666666666666666667,,5.20,5.5750,5.74,5.76666666666666666667,6.73333333333333333333,6.05,5.88333333333333333333,5.80,5.8750,,6.15,,5.6250,5.5375,5.65,6,5.8250,5.55,5.85,5.65,5.89,6.15,5.60,,5.65,5.7250,,5.25,6.25,,5.56666666666666666667,5.9750,6.0250,,,6.35,,,,
5.45,,6.30,5.71666666666666666667,,5.50,6.05,5.83333333333333333333,5.58333333333333333333,5.6250,5.70,5.9250,5.7750,6.20,5.53333333333333333333,5.6625,5.40,5.75,,6,5.53333333333333333333,,5.6250,5.55,5.65,5.55,5.70,,6.15,5.90,5.71666666666666666667,6.11666666666666666667,5.15,6.10,5.4750,,5.75,5.45,5.95,,5.95,5.36666666666666666667,,,,6.15,,,
,5.7250,5.75,6,,,5.65,,6.30,5.65,,5.4750,5.60,5.41666666666666666667,5.8250,,,6.25,6.30,,5.60,6.15,6.10,5.85,,5.8750,5.65,5.9750,5.80,5.65,5.90,6.15,5.56666666666666666667,5.75,,,6,5.85,5.75,5.7250,5.75,,,,,,,,
5.75,,6.11666666666666666667,,5.3250,,5.91666666666666666667,5.55,,6.05,5.70,5.7250,5.50,6.15,5.40,5.40,5.40,5.70,5.4250,5.7250,5.45,,,5.85,5.85,5.7750,5.8750,5.25,5.45,5.75,5.70,5.65,5.4750,5.7250,5.70,6.10,6.05,5.6875,5.60,,5.80,,,5.65,,,,,
5.6250,6.25,5.60,5.90,6.0750,5.80,5.45,,,,,5.60,5.50,,,,,5.7375,5.60,6,5.96666666666666666667,5.68333333333333333333,5.90,5.83333333333333333333,5.6750,,5.6750,5.7250,5.68333333333333333333,5.63333333333333333333,5.65,6.05,,5.57,5.75,5.2750,5.50,,5.6750,5.85,5.6750,6.35,,,,,,5.35,
,5.20,,5.58333333333333333333,5.83333333333333333333,5.9250,5.7750,5.66666666666666666667,5.85,5.95,,6.35,5.55,5.3750,,6.30,5.15,5.40,5.55,,5.75,5.45,6.60,,5.45,5.25,,5.25,5.80,5.45,4.80,,5.4250,5.7750,5.15,5.55,5.35,,5.85,5.76666666666666666667,,,,,,,5.60,,
,,,5.15,,6.05,5.43333333333333333333,5.70,,5.75,6.05,5.15,5.75,5.60,,6.1750,,6.05,,,,5.5625,5.41666666666666666667,,5.6250,5.50,5.90,5.95,5.90,6.0250,5.96666666666666666667,6,5.70,6,5.90,6,5.55,5.81666666666666666667,5.7750,5.30,,5.7750,,,,5.40,,,
,6.06666666666666666667,5.45,5.60,5.55,5.95,5.8750,5.8750,5.80,5.91666666666666666667,,,,5.85,5.75,5.51666666666666666667,,5.8750,,5.45,6.0250,,5.80,5.9375,5.7750,5.51666666666666666667,,5.8750,5.60,5.8625,5.63333333333333333333,,5.50,5.2625,5.65,,5.30,5.35,,5.7250,,5.83333333333333333333,5.85,5.70,,5.30,,,
5.7750,6,5.55,,5.45,5.4125,5.99166666666666666667,5.50,5.65,5.9750,,,5.76666666666666666667,5.83333333333333333333,5.79,5.85,,5.90,5.98333333333333333333,6.05,,6.3250,6.0750,,5.25,5.85,6.20,,5.45,,,5.65,5.7250,5.9250,6.50,5.35,5.95,,5.88333333333333333333,5.80,5.95,5.60,5.75,,5.90,6.45,,,
5.68333333333333333333,5.60,,5.55,5.1250,,6.05,5.75,5.75,5.68333333333333333333,6,5.55,6.15,5.45,5.70,6.1250,5.67,5.75,5.55,5.35,5.55,5.9750,5.80,5.60,5.9125,5.9375,5.25,5.85,5.4375,6.10,5.55,,,5.61666666666666666667,5.61666666666666666667,5.25,6.25,6.1750,5.85,5.5375,5.8250,6.03,,,,6.10,,,
5.95,5.46666666666666666667,6.45,5.7375,,5.55,5.66666666666666666667,5.70,,5.7750,5.50,5.65,5.90,5.8750,5.9750,6,5.6750,,5.81666666666666666667,,5.50,5.4250,5.65,6,6.1250,5.25,5.90,5.6875,5.6250,,6.2750,6.15,5.7750,5.9250,5.20,5.57,5.92,,5.35,,5.45,5.40,,,,,,,
5.65,4.95,5.70,,5.91666666666666666667,5.3750,5.3750,5.45,5.61666666666666666667,6.0250,5.8750,5.55,5.85,6.28333333333333333333,5.9125,5.55,7.85,5.50,6,,5.53,5.35,5.8250,5.75,5.90,5.71666666666666666667,5.70,5.90,5.4250,5.4750,5.93333333333333333333,5.95,5.9750,5.45,5.53333333333333333333,6.21666666666666666667,5.20,5.10,,5.37,5.7250,5.51666666666666666667,,,,,,,
5.76666666666666666667,5.65,5.95,,5.95,5.10,5.60,5.70,5.80,5.5625,6.10,5.45,5.5250,,5.6375,6.20,,5.60,5.3750,,5.95,5.5250,5.35,5.70,5.4250,5.75,5.0750,5.60,5.78333333333333333333,5.50,5.4250,5.85,6.05,5.05,5.7750,,6.20,6.40,5.35,5.6250,5.65,5.75,,,,5.50,,4.80,
5.9250,5.15,6.0250,5.15,5.40,,6,,,5.8750,,6.10,,5.6750,5.8750,,6.15,6.30,5.80,5.96666666666666666667,5.95,5.90,5.50,5.81666666666666666667,5.60,6.0750,5.10,4.95,5.95,5.35,,5.70,6.05,5.7750,5.7250,5.35,5.8250,5.55,5.76666666666666666667,7.65,5.75,5.8250,,,5.40,,,,
6.25,5.90,5.7250,5.85,5.85,5.50,6.65,5.0750,6.0250,5.98333333333333333333,,5.38333333333333333333,5.7750,5.5250,5.55,6,5.6250,5.75833333333333333333,5.2750,5.8750,5.71666666666666666667,5.48333333333333333333,,,,,5.45,6,5.65,5.15,5.66666666666666666667,5,5.9750,5.5750,,5.10,5.51666666666666666667,5.8250,6.03333333333333333333,,,5.55,,6.20,5.40,,,5.55,
,,5.5750,,5.5250,6.20,5.7750,5.80,5.56666666666666666667,6.35,6.05,,5.8250,6.05,6.45,5.65,,5.7250,5.65,,6.0750,5.30,5.88333333333333333333,6.0250,6.15,5.45,,5.20,6.25,,,5.61666666666666666667,5.93333333333333333333,6.06666666666666666667,5.6125,5.70833333333333333333,6.45,5.90,5.85,5.7250,5.40,,,,,,,,
5.70,5.55,5.55,5.75,5.60,5.75,5.75,6.2750,5.85,5.80,5.90,6.40,,5.20,6.10,5.5750,5.25,,5.4750,5.45,6.1250,,,5.90,6.0750,5.8250,5.85,5.28333333333333333333,5.7250,5.86666666666666666667,5.50,5.7750,5.85,5.5625,5.90,5.10,5.85,6.2250,5.75,5.75,5.6750,5.20,,,,,,,
,5.73333333333333333333,5.75,,5.8250,5.75,5.40,5.60,6.18333333333333333333,5.70,5.95,,5.55,,5.58333333333333333333,6,,5.15,5.75,,5.70,5.81666666666666666667,5.80,6.45,5.2750,5.65,5.50,5.45,6.20,5.85,5.60,5.88333333333333333333,5.95,5.70,,,6.01666666666666666667,,,,5.15,5.8250,,,,,,,
6.30,5.85,,,5.5250,5.65,5.50,6.55,5.4750,,5.25,5.95,5.3750,6.15,5.68333333333333333333,5,5.35,5.59,5.4750,5.5750,5.75,,6.45,,5.65,5.7750,5.76666666666666666667,,5.65,5.7750,,5.55,5.85,5.85,5.65,5.2750,5.70,5.71666666666666666667,5.7750,6.70,5.61666666666666666667,,,,,,,,
5.60,5.9750,5.95,5.8750,5.55,6.20,5.30,5.50,6.20,,6.15,5.40,5.65,5.96666666666666666667,5.50,,5.60,6.25,5.25,6.35,,5.65,5.90,5.60,5.8750,,6,5.95,5.70,5.70,5.8750,,5.85,5.30,5.90,5.3750,6.0750,6.05,5.50,,5.25,6.20,,,,,,,
5.65,5.50,5.55,5.75,5.9750,5.33,6,5.7750,6.2250,5.50,5.20,5.30,6.0250,5.93333333333333333333,6.30,5.86666666666666666667,,5.30,5.95,6.0125,5.80,5.45,5.25,,,5.5375,5.85,,5.51666666666666666667,,5.85,5.50,5.50,5.25,5.70,5.70,5.80,,,5.45,5.9875,,,6.25,,,,,
6,,5.55,5.40,6.10,6.05,,5.3750,5.65,5.70,5.7750,6.05,5.50,5.61666666666666666667,5.43333333333333333333,5.6875,,5.6750,5.95,,,5.5250,5.6750,5.85,5.9250,5.80,5.95,5.60,5.80,5.66666666666666666667,,6,5.7250,5.50,5.65,6.05,6.01666666666666666667,6.05,6.20,6.10,,6.15,,,,,,,
,5.6875,6,5.55,,5.7250,5.55,5.60,5.65,5.56666666666666666667,5.99,5.10,5.9750,,5.9750,5.30,5.9250,9.70,5.60,6.40,6.15,6.1250,6.10,5.80,5.80,,5.60,,5.50,,5.95,5.7750,5.65,,,5.70,,5.98333333333333333333,,,5.95,5.66666666666666666667,,,,,,,

Your problem isn't the NA values, it's the fact that the contour 
functions want a matrix, and you're passing a data.frame.  If you use 
as.matrix on it, it converts to character mode, presumably because your 
last column is entirely missing (so is read as mode logical, not numeric).

Use this massaging on it and the plot will work:

  myData <- as.matrix(as.data.frame(lapply(myData,as.numeric)))

Duncan Murdoch

Earl F. Glynn

Wed, Apr 13, 2005 7:59 AM #

"Duncan Murdoch" <murdoch at math.aau.dk> wrote in message
news:425CFE4D.8010208 at math.aau.dk...

This looks unnecessarily complicated here, but appears to be necessary.  I
normally would try to use only "as.matrix" here but this can fail as shown
below, but sometimes can work.

R's "rules" about this conversion seem somewhat arbitrary to me.  Example 3,
in particular, doesn't make sense to me.  Can anyone share some insight on
what is going on?

==========================


Dummy.txt

1,2,3

4,5,6



# 1.  Integers, no missing values; "as.matrix" good enough for conversion

# Results make sense.

[1] "list"

[1] "data.frame"

[1] "integer"

[1] "matrix"



==========================



Dummy.txt

1,,3

4,2.5,6



# 2.  Doubles, missing values; "as.matrix" good enough for conversion

# Results make sense.

V1  V2 V3

1  1  NA  3

2  4 2.5  6

[1] "double"

[1] "matrix"



==========================



Dummy.txt

1,,3



# 3.  Drop second row of data from 2 above.  Now instead of integers or
doubles,

# the type is "character" after using as.matrix?

# Results don't make sense.  Why did dropping the second row of data change

# the type to "character" here?

V1  V2 V3

1 "1" NA "3"

[1] "character"

[1] "matrix"

==========================



Dummy.txt

1,,3



# 4.  More complicated solution than 3 above, like what Duncan suggested,

# but this gives expected results

V1 V2 V3

1  1 NA  3

[1] "double"

[1] "matrix"



==========================


Thanks for any help in clarifying this R subtilty.

efg
--
Earl F. Glynn
Scientific Programmer
Stowers Institute for Medical Research