2nd attempt - conflict of dfs or f value in lme

An embedded and charset-unspecified text was scrubbed...
Name: not available
URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/attachments/20120521/b51d93dd/attachment.pl>
Hi Charles,

Out of curiosity, what is the log likelihood from SAS?  Does it match
that from lme()?

logLik(fit.13)

will give it to you.

Cheers,

Josh
Greetings R users,

I am trying to match some SAS output of a mixed model. ?After running PROC
MIXED with the covariance structure as AR1 the output below is given. ?Now
when I try to replicate this with lme, I get the correct degrees of freedom
and somewhat close values. ?If I try with gls, I get the exact F value but
the incorrect denominator degrees of freedom. ?Is there some syntax or
parameter I can adjust to get lme to have the same F values as gls? ?That
way the correct degrees of freedom would be applied and I would get the
replicated model. ?The data is also included below. ?Thanks to any who can
help with this issue.

Regards,

Charles

Row ? ID Group Died Event_name ? ? ?var
1 ? ?12510 ? ? 3 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? -1.05257
2 ? ?12510 ? ? 3 ?YES ? ? ? ?S45 ? ?-1.00000
3 ? ?12510 ? ? 3 ?YES ? ? ? ?FR2 ? -1.14630
4 ? ?12510 ? ? 3 ?YES ? ? ? ?FR8 ? -1.08831
5 ? ?12510 ? ? 3 ?YES ? ? ? FR20 ? -1.03339
6 ? ?21510 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ?-0.87290
7 ? ?21510 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.22185
8 ? ?21510 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.01592
9 ? ?21510 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ?-1.06550
10 ? 21510 ? ? 3 ? NO ? ? ? PR48 ? ?-0.65326
11 ? 22210 ? ? 3 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? -1.37059
12 ? 30810 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? -0.92959
13 ? 30810 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ?-1.26680
14 ? 30810 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ?-0.99396
15 ? 30810 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ?-1.04769
16 ? 30810 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ?-1.04769
17 ? 31510 ? ? 4 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? -1.50585
18 ? 31510 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?S45 ? ?-1.35262
19 ? 31510 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?FR2 ? -1.26520
20 ? 31510 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?FR8 ? ?-1.11407
21 ? 31510 ? ? 4 ?YES ? ? ? FR20 ? ?-0.97757
22 ? 40510 ? ? 2 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? ?-1.04721
23 ? 40510 ? ? 2 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -1.13371
24 ? 51010 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ?-1.21467
25 ? 51010 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? ?-1.18177
26 ? 51010 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.23582
27 ? 51010 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -1.35262
28 ? 51010 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ?-0.69897
29 ? 51010 ? ? 3 ? NO ? ? ? PR48 ? ?-1.14086
30 ? 51710 ? ? 4 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ?-1.13371
31 ? 51710 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.24336
32 ? 51710 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.85201
33 ? 51710 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.72700
34 ? 51710 ? ? 4 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.71220
35 ? 51710 ? ? 4 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -1.10735
36 ? 51809 ? ? 1 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -0.70752
37 ? 51809 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.58120
38 ? 51809 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.71332
39 ? 51809 ? ? 1 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.37212
40 ? 61410 ? ? 4 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? -1.25493
41 ? 61410 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.24949
42 ? 61410 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.18310
43 ? 61410 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.87517
44 ? 61410 ? ? 4 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.34679
45 ? 61410 ? ? 4 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.76472
46 ? 62110 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.34199
47 ? 62110 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.23657
48 ? 62110 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.20412
49 ? 62110 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.72011
50 ? 62110 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.72308
51 ? 62110 ? ? 3 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.89688
52 ? 62209 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -0.74041
53 ? 62209 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -0.99183
54 ? 62209 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.06854
55 ? 62209 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.94386
56 ? 62209 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.38817
57 ? 71210 ? ? 4 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? -1.23657
58 ? 71210 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -0.94808
59 ? 71309 ? ? 4 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? -1.14630
60 ? 71309 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -1.10568
61 ? 71309 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?FR2 ? ? -0.94462
62 ? 71309 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?FR8 ? ? -0.89211
63 ? 71309 ? ? 4 ?YES ? ? ? FR20 ? ? -0.98970
64 ? 71309 ? ? 4 ?YES ? ? ? PR48 ? ? -0.83387
65 ? 81009 ? ? 4 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.15989
66 ? 81009 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -0.93779
67 ? 81009 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?FR2 ? ? -0.86710
68 ? 81009 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?FR8 ? ? -0.69379
69 ? 81610 ? ? 1 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.04769
70 ? 81610 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.02780
71 ? 81610 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.96098
72 ? 81610 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.91829
73 ? 81610 ? ? 1 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.68550
74 ? 81610 ? ? 1 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.66374
75 ? 81709 ? ? 4 ?YES ? ? ? ? ?B ? ?-0.65521
76 ? 82410 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? -1.06702
77 ? 82410 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.30103
78 ? 82410 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.96617
79 ? 82410 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.84497
80 ? 82410 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.47716
81 ? 82410 ? ? 3 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.68131
82 ? 91310 ? ? 4 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.30803
83 ? 91310 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.07212
84 ? 91310 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.94615
85 ? 91310 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -1.29414
86 ? 91310 ? ? 4 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.81304
87 ? 91310 ? ? 4 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.86519
88 ? 91409 ? ? 4 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.12321
89 ? 91409 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.08831
90 ? 91409 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.11862
91 ? 91409 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.87976
92 ? 91409 ? ? 4 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.87517
93 ? 91409 ? ? 4 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.68867
94 ? 92109 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.15120
95 ? 92109 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -0.99525
96 ? 92109 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.95429
97 ? 92109 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.54914
98 ? 92109 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.67264
99 ? 92109 ? ? 3 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.74256
100 ?92110 ? ? 4 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? -1.05012
101 ?92110 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -1.14086
102 ?92110 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?FR2 ? ? -0.91901
103 ?92110 ? ? 4 ?YES ? ? ? ?FR8 ? ? -0.80521
104 ?92110 ? ? 4 ?YES ? ? ? FR20 ? ? -0.88807
105 ?92710 ? ? 4 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.20412
106 ?92710 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.21325
107 ?92710 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.19518
108 ?92710 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.92959
109 ?92710 ? ? 4 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.69315
110 ?92710 ? ? 4 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.73779
111 100410 ? ? 1 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -0.92300
112 100410 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.07314
113 100410 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.80162
114 100410 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.63283
115 100410 ? ? 1 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.73119
116 100410 ? ? 1 ? NO ? ? ? PR48 ? ? ?0.10102
117 101209 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? -1.24718
118 101209 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.00524
119 101209 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.01592
120 101209 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.85201
121 101209 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.51670
122 101209 ? ? 3 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.72239
123 101909 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.13549
124 101909 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -0.92665
125 101909 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.98548
126 101909 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -1.03152
127 101909 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.71715
128 101909 ? ? 3 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -1.07935
129 102510 ? ? 2 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.30103
130 102510 ? ? 2 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -0.83387
131 110810 ? ? 3 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? -1.21968
132 110810 ? ? 3 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -0.68048
133 110810 ? ? 3 ?YES ? ? ? ?FR2 ? ? -1.09474
134 110909 ? ? 2 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.09259
135 110909 ? ? 2 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -0.91293
136 111510 ? ? 3 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.39794
137 111510 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.42366
138 111510 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.22621
139 111510 ? ? 3 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.98885
140 111510 ? ? 3 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.66055
141 111510 ? ? 3 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.84497
142 111609 ? ? 1 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -0.79942
143 111609 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -0.87517
144 111609 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -0.74041
145 111609 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -0.64092
146 111609 ? ? 1 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.53835
147 111609 ? ? 1 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.68719
148 120610 ? ? 4 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? -1.05110
149 120610 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -1.45100
150 120610 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.21183
151 120610 ? ? 4 ? NO ? ? ? ?FR8 ? ? -1.04144
152 120610 ? ? 4 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.61101
153 120610 ? ? 4 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.81702
154 120709 ? ? 1 ? NO ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -0.84497
155 120709 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?S45 ? ? -0.99439
156 120709 ? ? 1 ? NO ? ? ? ?FR2 ? ? -1.13430
157 120709 ? ? 1 ? NO ? ? ? FR20 ? ? -0.57187
158 120709 ? ? 1 ? NO ? ? ? PR48 ? ? -0.80632
159 121310 ? ? 3 ?YES ? ? ? ? ?B ? ? ? ? -1.16115
160 121310 ? ? 3 ?YES ? ? ? ?S45 ? ? -1.18310

dat=read.table("C:/?/subset.csv",sep=",",header=TRUE, na.strings=".")

attach(dat)

dat34=dat[Pig_group %in% c("3", "4"),]

attach(dat34)

dat34=within(dat34, {

? ? ? ? ? ? ? ? ? ?group=factor(group)

? ? ? ? ? ? ? ? ? ?Event_name=factor(Event_name)

? ? ? ? ? ? ? ? ? ?Died=factor(Died)

? ? ? ? ? ? ? ? ? ?ID=factor(ID)

})

attach(dat34)

contrasts(dat34$Event_name)=contr.sum(n=6)

contrasts(dat34$group)=contr.sum(n=2)

contrasts(dat34$Died)=contr.sum(n=2)

?# What the results should be from SAS AR1 var
#Type 3 Tests of Fixed Effects
#Effect ? ? ? ? ?NumDF DenDF F Value Pr > F
#Event_name ? ? ?5 ? 91 ? ?7.43 ? ?<.0001
#Died ? ? ? ? ? ? ?1 ? 24 ? ?0.08 ? ?0.7756
#Event_name*Died 5 ? 91 ? ?3.09 ? ?0.0128

fit.13=lme(var~Event_name*Died,
? ?data=liver34,
? ?random=~1|ID,
? ?corr=corAR1())
anova(fit.13, type="marginal", adjustSigma=F)
# ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?numDF denDF ? F-value p-value
#(Intercept) ? ? ? ? ? ? 1 ? ?91 1342.7364 ?<.0001
#Event_name ? ? ? ? ?5 ? ?91 ? ?8.7143 ?<.0001
#Died ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?1 ? ?24 ? ?0.0527 ?0.8204
#Event_name:Died ? ? 5 ? ?91 ? ?3.0909 ?0.0127

######################################################
###THIS DOES IT but not lme function (need dfs)
fit.16=gls(var~Event_name*Died,
? ?data=liver34,
? ?corr=corAR1(, ~1|ID))
anova(fit.16, type="marginal", adjustSigma=F)
#Denom. DF: 115
# ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?numDF ? F-value p-value
#(Intercept) ? ? ? ? ? ? 1 1496.9032 ?<.0001
#Event_name ? ? ? ? ?5 ? ?7.4304 ?<.0001
#Died ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?1 ? ?0.0831 ?0.7736
#Event_name:Died ? ? 5 ? ?3.0871 ?0.0119

?#Give exact replicated answers
1-pf(7.4304, 5, 91)
1-pf(.0831, 1, 24)
1-pf(3.0871, 5, 91)
#######################################################

? ? ? ?[[alternative HTML version deleted]]

_______________________________________________
R-sig-mixed-models at r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-mixed-models

Joshua Wiley
Ph.D. Student, Health Psychology
Programmer Analyst II, Statistical Consulting Group
University of California, Los Angeles
https://joshuawiley.com/